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平成３０年６月２１日判決言渡同日原本受領裁判所書記官
平成２６年（ワ）第１２５７３号育成者権に基づく差止請求権不存在確認請求事
件
口頭弁論終結日平成３０年２月７日
判決5
原告ブルージー・プロ株式会社
同訴訟代理人弁護士溝上哲也
同河原秀樹
同早川光俊
同髙須賀彦人10
同中谷彩
被告Ｐ１
同訴訟代理人弁護士松本司
同井上裕史
同田上洋平15
同上田雅稔
同訴訟復代理人弁護士冨田信雄
主文
１別紙「原告製品目録１」及び別紙「原告製品目録２」記載の製品に使用する
別紙「種苗目録１」及び別紙「種苗目録２」記載の種苗を，原告が生産し，調20
整し，譲渡の申出をし，譲渡し，輸出し，輸入し，又はこれらの行為をする目
的をもって保管する行為につき，被告が，品種登録第１５８６６号及び品種登
録第１５８６７号の各育成者権に基づく差止請求権を有しないことを確認する。
２別紙「種苗目録１」及び別紙「種苗目録２」記載の種苗を使用した別紙「原
告製品目録１」及び別紙「原告製品目録２」記載の製品を，原告が販売する行25
為につき，被告が，品種登録第１５８６６号及び品種登録第１５８６７号の各
育成者権に基づく差止請求権を有しないことを確認する。
３原告のその余の請求を棄却する。
４訴訟費用はこれを２分し，その１を原告の負担とし，その余を被告の負担と
する。
事実及び理由5
第１請求
１主文第１項同旨
２主文第２項同旨
３別紙「種苗目録３」記載の種苗を使用した別紙「原告製品目録３」記載の製
品を，原告が南海辰村建設株式会社に販売した行為につき，被告が，品種登10
録第１５８６６号の育成者権を侵害した不法行為に基づく損害賠償請求権を
有しないことを確認する。
第２事案の概要等
１事案の概要
本件は，原告が，登録品種の名称を「トットリフジタ１号」,「トットリフジタ２15
号」とする各登録種苗について育成者権を有する被告に対し，①別紙「種苗目録１」
及び別紙「種苗目録２」記載の種苗（以下「本件種苗１」，「本件種苗２」という
ことがある。）を生産等する行為，並びに本件種苗１及び２を使用した別紙「原告
製品目録１」及び別紙「原告製品目録２」記載の製品（以下「原告製品１」，「原
告製品２」ということがある。）を販売する行為について，被告の各育成者権に基20
づく差止請求権が存在しないことの確認を求めるとともに，②別紙「種苗目録３」
記載の種苗（以下「本件被疑種苗」という。）を使用した別紙「原告製品目録３」
記載の製品（以下「原告製品３」ということがある。）を販売した行為につき，被
告のトットリフジタ１号に係る育成者権を侵害した不法行為に基づく損害賠償請求
権が存在しないことの確認を求めた事案である。25
２前提事実（争いのない事実並びに証拠及び弁論の全趣旨により容易に認定で
きる事実。なお，書証の枝番号は，特に記載しない限り，その全てを示す趣旨であ
る。以下，同様である。）
(1)当事者等
原告は，緑化事業の設計，施工，維持管理及びコンサルタント等を目的とし
て，平成１６年１２月２４日に設立された会社である。Ｐ２は，原告からの委託5
を受け，兵庫県洲本市所在の畑等において，植物の栽培等を行っていた。Ｐ２
は，兵庫県南あわじ市所在のＰ３らを下請け農家としていた。
被告は，品種登録第１５８６６号及び同第１５８６７号の育成者権者であり，鳥
取県岩美郡＜以下略＞所在のＰ４の監査役の地位にある。Ｐ５は，被告の夫で，Ｐ
４の代表取締役であり，Ｐ６は，Ｐ４の専務取締役である。10
(2)被告の育成者権
被告は，次の育成者権１及び２を有している（甲８ないし１３）。
ア育成者権１（以下「本件育成者権１」といい，この品種登録を「本件品
種登録１」という。）
出願番号第１６６４６号15
出願年月日平成１６年２月１０日
出願者Ｐ１
出願品種の名称（出願時）常緑キリンソウフジタ１号
品種登録の番号第１５８６６号
登録年月日平成１９年１２月１７日20
農林水産植物の種類Phedimuskamtschaticus(Fisch.)'tHart
（和名：エゾノキリンソウ種）
登録品種の名称トットリフジタ１号
品種育成をした者の氏名Ｐ５
育成者権者Ｐ１25
イ育成者権２（以下「本件育成者権２」とい，本件育成者権１と併せて「本
件育成者権」という。）
出願番号第１６６４７号
出願年月日平成１６年２月１０日
出願者Ｐ１
出願品種の名称（出願時）常緑キリンソウフジタ２号5
品種登録の番号第１５８６７号
登録年月日平成１９年１２月１７日
農林水産植物の種類Phedimuskamtschaticus(Fisch.)'tHart
（和名：エゾノキリンソウ種）
登録品種の名称トットリフジタ２号10
品種育成をした者の氏名Ｐ５
育成者権者Ｐ１
(3)トットリフジタ１号の重要な形質に係る特性
トットリフジタ１号に係る審査基準は，別紙「審査基準」のとおりであり（以下
「本件審査基準」という。甲１６，甲１２０），トットリフジタ１号の品種登録簿15
における重要な形質に係る特性の記載は，別紙「トットリフジタ１号の特性」（以
下「本件特性表」という。）のとおりである（甲８）。
トットリフジタ１号は，農林水産省の審査において，繁殖の方法について「栄養
繁殖」，特性の概要について「この品種は，新潟県在来種の自然交雑実生から選抜
して育成されたものであり，葉の色は緑色で冬期の茎の伸長程度が強く地上部が20
枯死しないグランドカバー向きの品種である。」等，区別性について「『新潟在来』
及び『佐渡在来』と比較して，冬期の茎の伸長程度が強いこと等で区別性が認めら
れる。」と認定されて，登録が認められた（甲９２）。
(4)原告とＰ４との取引関係
アＰ４は，被告の許諾を得て，鳥取県岩美郡＜以下略＞所在の自社の圃場25
のビニールハウスでトットリフジタ１号を栽培し，カット苗（挿し木用に茎の先端
の３cmから４cm程度を切った苗），プラグ苗（カット苗を少量の土に植えて少し根
を生やした状態の株），ポット苗（円上のポットに植えられ相当程度に育った株）
の形で，「常緑キリンソウ」として販売していた（甲１１０，乙１４ｐ３）。
原告は，従前，Ｐ４及びＰ７との間で覚書（甲３８及び３９）を作成して，Ｐ４
が生産したトットリフジタ１号のカット苗等を，Ｐ７を介して正規に購入し，これ5
をＰ２らに栽培させて，屋上緑化商品として販売していた。原告が販売していた屋
上緑化商品には，メキシコマンネングサを使用した「てまいらず」，トットリフジ
タ１号４株とメキシコマンネングサ５株をトレイに植えた「みずいらず」（原告製
品３），トットリフジタ１号の５株（場合により９株）をトレイに植えた「みずい
らずスーパー」の３種類があった（乙１１ｐ３）。10
イＰ４側は，平成２４年１月３１日付けのＰ７宛の文書により，原告に対
し，Ｐ７を介したトットリフジタ１号のカット苗の販売を同年３月３１日限りで中
止することを通知した（甲４０）。
(5)原告の阪神高速への納品
原告は，平成２４年９月２日，南海辰村建設株式会社から，阪神高速大和川線の15
三宅西入口・出口料金所（以下「本件入口料金所」，「本件出口料金所」といい，
併せて「本件料金所」という。）の屋上緑化工事を請け負った。
原告は，平成２５年２月，Ｐ２の下でＰ３が栽培していた「みずいらず」４５３
トレイを上記工事のために出荷した（なお，これに使用された本件被疑種苗がトッ
トリフジタ１号であるか否かについては争いがある。）。（以上，乙１５添付資料）。20
(6)刑事手続
アＰ６は，平成２５年４月２３日，Ｐ２の農場に赴き，Ｐ２がトットリフ
ジタ１号又はトットリフジタ２号の違法増殖をしていると考えたことから，同年５
月，鳥取警察署にこの件を相談した（乙３３及び３５）。
イ原告，原告代表者及びＰ２は，平成２７年２月１５日，次のような種苗25
法違反の事実を公訴事実として鳥取地方裁判所に起訴され，いずれも有罪判決がさ
れた（以下「本件刑事事件」という。乙１）。
「原告代表者及びＰ２は，共謀の上，原告の業務に関して育成者権者の承諾なく
平成２４年８月下旬頃から平成２５年２月６日頃までの間，兵庫県南あわじ市所在
のＰ３の畑で，情を知らないＰ３に，トットリフジタ１号８０００株を育成させて
生産した上，同月６日頃，原告が南海辰村建設株式会社から請け負った阪神高速道5
路大和川線三宅西出入口料金所新築その他工事に伴う屋根工事に関し，Ｐ３の畑か
ら前記生産に係るトットリフジタ１号約１８１２株をトレイに植え込んだ商品名
「みずいらず」４５３トレイ（設置工費込み代金１２７万９７２０円）を，前記三
宅出入口料金所新築その他工事現場に発送し，同月８日頃にこれを同所に到達させ
て南海辰村建設株式会社に譲渡し，もって育成者権を侵害した。」10
(7)比較栽培試験
鳥取警察署は，本件刑事事件の捜査のために，平成２５年８月２２日及び同年９
月６日，独立行政法人種苗管理センター（以下「種苗管理センター」という。）に
対し，本件料金所の建物屋上から採取した本件被疑種苗と，Ｐ５及びＰ６が「トッ
トリフジタ１号」であるとして捜査機関に提出した植物体について，比較栽培によ15
る品種類似性試験を内容とする鑑定を嘱託し，比較栽培試験が実施された（以下，
これらの試験をまとめて「本件比較栽培試験」といい，それに基づく鑑定を「本件
比較栽培試験鑑定」という。甲１００，１０１，乙４９ないし５１）。
これらの鑑定試料のうち，Ｐ６が平成２５年８月２０日に提出した植物体は，鑑
定時に「トットリフジタ１号（２年生株）」と呼称され（以下，これを「鑑定フジ20
タ２年生」という。），Ｐ５が平成２５年９月５日に提出した植物体（甲１３１な
いし甲１３３）は，鑑定時に「トットリフジタ１号（１年生株）」と呼称された（以
下，これを「鑑定フジタ１年生」という。）。
本件比較栽培試験の結果，鑑定フジタ１年生と本件被疑種苗とは特性において明
確に区別されると判定され，鑑定フジタ２年生と本件被疑種苗とは，特性において25
明確に区別されないと判定された（以上，甲１００，１０１，乙５０，５１）。
(8)ＤＮＡ鑑定
鳥取大学乾燥地研究センター教授で，植物遺伝育種学を専門とするＰ８（以下「Ｐ
８教授」という。）は，平成２６年１月３０日付け及び同年２月１９日付けの鳥取
警察署からの鑑定嘱託に応じて，１０マーカーを用いて，Ｐ４側が提出したトット
リフジタ１号と，本件料金所から採取した本件被疑種苗とのＤＮＡ情報の同一性に5
ついて鑑定を行い，トットリフジタ１号と本件被疑種苗とのＤＮＡ情報は同一であ
るが，トットリフジタ２号と本件被疑種苗とのＤＮＡ情報は異なるとの結論を得た
（以下「本件ＤＮＡ鑑定１」という。乙５３ないし乙６０）。
また，Ｐ８教授は，平成２７年１月２７日付け及び同年４月１日付けの鳥取警察
署からの鑑定嘱託に応じて，２０マーカーを用いて，トットリフジタ１号と本件被10
疑種苗とのＤＮＡの同一性について鑑定を行い，両者のＤＮＡ情報は同一であると
の結論を得た（以下「本件ＤＮＡ鑑定２」といい，本件ＤＮＡ鑑定１と併せて「本
件ＤＮＡ鑑定」という。甲１０６）。
(9)原告のカタログ等の記載
平成２６年４月発行の原告発行の屋上緑化総合カタログ（甲２７）では，原告が15
販売する屋上緑化用商品として，①みずいらず：「常緑キリンソウ」とメキシコマ
ンネングサの混植，②みずいらずスーパー：「常緑キリンソウ」１００％とされ，
「ブルージー・プロが現在使用している常緑キリンソウは，１９１９年東京大学の
中井教授により，その存在が確認されたタケシマキリンソウを採用しています」と
記載されている（甲２７）。20
また，平成２６年１２月４日時点の原告のウェブサイトにおいても，同様の記載
がある（甲２４）。
３争点
(1)請求第１項及び第２項関係
確認の利益の有無（争点１）25
(2)請求第３項関係
ア本件被疑種苗がトットリフジタ１号又はそれと特性により明確に区別さ
れない品種か（争点２）
イ被告の本件育成者権１に基づく請求は，本件品種登録１に無効・取消理
由があることにより，権利濫用として許されないか
(ｱ)原始的瑕疵１・育成者性の欠如（争点３－１）5
(ｲ)原始的瑕疵２・区別性の欠如（争点３－２）
(ｳ)原始的瑕疵３・未譲渡性（新規性）の欠如（争点３－３）
(ｴ)後発的瑕疵１・均一性，安定性の喪失（争点３－４）
(ｵ)後発的瑕疵２・均一性の喪失（争点３－５）
ウ消尽の成否（争点４）10
４当事者の主張
(1)争点１（確認の利益の有無）について
（原告の主張）
原告は，原告製品１及び２がタケシマキリンソウを使用した製品であることを従
前より対外的に説明していたし，もちろん現在も説明している。被告は，以上の事15
実を知りながら，平成２６年１１月１１日，あえて警告対象の製品を発見した経緯，
時期，場所などを一切特定せず，原告の現行製品を対象として，被告の育成者権を
侵害することを理由に，その生産販売の即時中止を求める警告書を原告に送付し（甲
４５），原告が回答書（甲４６）でいつ誰に販売した製品を警告の対象とするのか
特定を求めたのにあえてこれを無視し，本訴の提起前に何も応答しなかったという20
のが事実である。
そして，被告は，平成２７年４月３０日，本訴の被告第２準備書面において，初
めてタケシマキリンソウ由来の製品は侵害品ではないと答弁したのであるが，対外
的には，タケシマキリンソウ由来の製品が侵害品ではないことを一切認めていない。
被告は，原告の販売先に対しても原告が育成者権を侵害しているので原告の製品25
を取り扱わないよう触れ回っていたし，刑事事件がマスコミで報道された後には，
同様にその由来や販売時期を特定することなく，例えば建築士事務所などの緑化事
業に関係する不特定多数の者に対して侵害品を扱わないよう伝えて営業活動を行っ
ていた（甲８７）。
また，被告は，本訴ではタケシマキリンソウ由来の製品は侵害品ではないと答弁
しておきながら，一方で，対外的には，常緑キリンソウと認められている物はトッ5
トリフジタ１号及び２号のみであると虚偽の説明をして，常緑性であって誰でも自
由に扱えるはずのタケシマキリンソウを未だに認めていない。つまり，被告関係者
らは，訴訟外では，緑化事業の関係者に対し，常緑キリンソウを使用する場合はト
ットリフジタ１号及び２号以外の選択肢はないかのように誤解させる説明を続けて
いるのである（甲３７の２，甲８９）。10
このような事実からすると，被告は，今もなお，対外的には，原告製品１及び２
を販売している原告の法的地位を否定しているに等しく，原告の取引先に不安を与
えることで原告の事業活動を妨害しているから，本件に確認の利益が認められるこ
とは明らかである。
（被告の主張）15
タケシマキリンソウである本件種苗１及び２は，トットリフジタ１号及びトット
リフジタ２号と特性により明確に区別される別品種である。
したがって，これらの生産行為等及びこれらを用いた原告製品１及び原告製品２
の販売行為について，被告の育成者権１及び２に基づく差止請求権が存在しないこ
とは争わない。20
そもそも被告は，タケシマキリンソウの生産行為等が被告の育成者権を侵害する
などと主張した事実はないから，請求の趣旨１及び２について，即時確定の利益は
ない。
甲８９には，「常緑キリンソウ」と「トットリフジタ（１号）」が多数併記され
ており，このウェブページを閲覧した者が，同ページにおける「常緑キリンソウ」25
はそもそもトットリフジタ１号の意味で用いられていると理解するのは自明である。
(2)争点２（本件被疑種苗がトットリフジタ１号又はそれと特性により明確に
区別されない品種か）について
（被告の主張）
以下のとおり，本件被疑種苗がトットリフジタ１号又はそれと特性により明確に
区別されない品種であることは明らかである。5
ア比較栽培試験の結果
現物主義の観点から，トットリフジタ１号である鑑定フジタ２年生と本件被疑種
苗について比較栽培試験を実施した結果，両者は特性において明確に区別されない
ものとされた（乙５０，５１）。
イＤＮＡ鑑定の結果10
本件被疑種苗とトットリフジタ１号に関し，鳥取大学のＰ８教授が１０マーカー
を用いてＤＮＡ鑑定を実施した結果（乙５６，５８），これらのＤＮＡ情報は同一
であると結論付けられた。
このＤＮＡ鑑定は，妥当性が検証されたＤＮＡ鑑定（マーカー数１８，乙６７）
と比較すると，マーカー数の相違から精度が落ちることは否定できない。しかし，15
乙６７に定めるＤＮＡ鑑定の手法は，若干の問題点の指摘はあるものの「したがっ
て，提供されたマニュアルは，今回の検証に用いられたサンプルを対象とする限り，
検査対象がトットリフジタ１号またはトットリフジタ２号であるか否かは正確に識
別可能なマニュアルであると言える」（乙６７ｐ２１表１３）と評価されている。
それゆえ，精度に差はあるものの同一人であるＰ８教授が行った乙５６及び乙５８20
に基づくＤＮＡ鑑定の正確性を否定する理由とはならない。
なお，原告もＤＮＡ試験を行っているが（甲７６及び甲７７），これらの試験は
マーカーを用いず「科」レベルの一致しか導けないものであり（乙６，甲７６及び
甲７７の考察における「検体はタケシマキリンソウ又はこれと近縁なベンケイソウ
科植物に由来する可能性が高いと考えられた」），マーカーを用いた乙５６及び乙25
５８とは異なり，品種レベルでの同一性ないしは相違性の判断はおよそ不可能な試
験である。
ウ原告は，トットリフジタ１号の育成者権を侵害している事実を隠蔽する
ために多数の偽装工作を検討するとともに実行している。
①原告は，平成２５年４月２４日，Ｐ６が原告に対し，Ｐ２が被告の許
諾なくトットリフジタ１号の種苗を増殖している事実を電話で伝えた後，トットリ5
フジタ１号の処分をＰ２に命じた。
②原告は，平成２３年５月頃に，トットリフジタ１号を被告の許諾を得
ないで増殖を開始したが，その後，これと並行して，平成２４年２月頃からタケシ
マキリンソウの増殖を開始した。原告は，当該事実を奇貨として，真実は異なるに
もかかわらず，平成２４年２月頃から，Ｐ９からＰ２の農場に，既に大量のタケシ10
マキリンソウを仕入れていた事実を偽装しようとＰ２に提案し，ポストイットに購
入を偽装する本数を記載してＰ２に交付した。
③Ｐ１０は，原告が育成者権を侵害していると認識し，原告に対し，「念
のために当方から苗を購入したことにしませんか？平成２３年の春にタケシマキシ
ンソウの苗を販売した事として，納品書，請求書，領収書を準備いたします。」と15
の提案を行った。
④原告又は原告代表者も，被告の許諾なく先にトットリフジタ１号を増
殖して，後で増殖分を購入しようと考えていたと供述し，被告のトットリフジタ１
号の育成者権を侵害している事実を認めている。
なお，原告は無断増殖分の代金を現在に至るまで被告や，Ｐ４，Ｐ７に支払った20
事実はなく，当該後払方式をとることの許諾を，被告やＰ４，Ｐ７から得た事実も
ない。そして無断増殖したトットリフジタ１号の数量は，少なくとも２万４２００
株（１１２００株＋１３０００株）にのぼる（乙２８資料１－１，乙１０８の１の
ｐ３１）。
エ原告の主張について25
(ｱ)原告は，比較栽培試験においては，品種登録時の現物との比較検討が
必要であると主張する。
しかし，種苗法の保護の対象となる「品種」とは植物体の集合であり（種苗法２
条２項），育成者権の存続期間が登録より２５年（同法１９条２項）とされている
ことからすれば，必ず現物との比較が必要であるとすれば，育成者権の侵害立証は
極めて困難となり（植物体によっては寿命が短いものも存在する），種苗法の目的5
とする品種の育成の振興と種苗の流通の適性化との趣旨（同法１条）を没却しかね
ない。
そもそも，品種登録の要件には安定性が要件となっており，甲９３の２において
も「現地調査において，特性に変異がみられなかったこと及び栄養繁殖性品種であ
り，一般に遺伝的に同一であることから，安定性の要件を満たしていると判断する。」10
（甲９３の２のｐ３）とされており，特に被告においてトットリフジタ１号が別の
品種に変わったという特段の事情のない限り，被告（ないしは被告から許諾を受け
たＰ４）が育成しているトットリフジタ1号をもって，登録品種とすることに問題
はない。
また，原告は，乙５０及び５１の試験に供された鑑定フジタ１年生及び鑑定フジ15
タ２年生が登録品種たるトットリフジタ１号であることが証明されていないと主張
する。しかし，トットリフジタ１号は，フジタにおいて栄養繁殖（挿し木）の方法
で継続的に栽培を行い，譲渡しているものであるから，品種登録時と特性が変化す
ることは一般的には考えられない。そして，栽培は区別されたビニールハウスの中
で行っており（乙７０ｐ５８），他の品種が紛れる可能性はない。20
(ｲ)鑑定フジタ１年生と本件被疑種苗との間に区別性が認められたのは，
鑑定フジタ１年生が１年生株，本件被疑種苗が２年生株であり，齢が異なるためで
あって，このことが育成者権侵害を否定する事実とはなり得ない。
トットリフジタ１号のように，栄養繁殖によって得られる植物はいわばクローン
であるため，栽培条件以外の影響により特性に変異が生じることは考えられない。25
(ｳ)原告は，鑑定フジタ２年生の平均値と，本件被疑種苗の測定値を対比
すると，本件被疑種苗の株の一部に区別性が認められることから，侵害が否定され
る旨主張する。
しかしながら，なめこ事件知財高裁判決が判示するとおり，「特性差が上記の範
囲内にとどまらないとしても，相違する項目やその程度，植物体の種類，性質等を
総合的に考慮して，『登録品種と特性により明確に区別されない品種』への該当性5
を肯定することができる場合もある」のであり，階級幅の比較を「平均値（中間幅）」
を用いて比較することは極めて合理的である。
この点を措くとしても，原告が指摘する一部区別性の主張は全株数中の一部に留
まるのであり，原告の主張によっても，本件被疑種苗の全てと鑑定フジタ２年生と
の間に区別性が認められるわけではない。この点において，原告の主張は訴訟物と10
の関係で意味のないものといわざるを得ない。
（原告の主張）
ア比較栽培試験について
以下のとおり，本件比較栽培試験には様々な問題があるから，その結果を信用す
ることはできない。15
(ｱ)現物主義に反する本件比較栽培試験の根本的な欠陥
ａ現物主義の観点から，比較栽培試験は，登録種苗そのものと本件被
疑種苗とを用いて行われるべきであるが，本件比較栽培試験は，登録種苗であるト
ットリフジタ１号そのものではなく，Ｐ６らによって持ち込まれた鑑定フジタ１年
生及び鑑定フジタ２年生と本件被疑種苗とを用いて行われているという根本的な欠20
陥がある。
本来は，「品種登録出願の審査・登録時の植物体の現物」と，侵害が指摘される
植物体の個体との同定作業（各特性の比較）が必要であり，同一品種といえるため
には，特性表に列記されている各種の特性項目の全てにおいて，登録品種の登録時
の審査基準に従った比較の結果，同じ特性であるといえなければならない。25
ｂトットリフジタ１号と鑑定フジタ１年生及び鑑定フジタ２年生は，
特性において大きく異なり，同一性や連続性は認められないものであるから，鑑定
フジタ１年生及び鑑定フジタ２年生は，トットリフジタ１号が栄養繁殖されたもの
とは考えられない。
(ｲ)鑑定フジタ１年生，鑑定フジタ２年生と本件被疑種苗との齢及び環境
条件の同一性が担保されていないこと5
本件においては，本件被疑種苗も含めて，挿し木の正確な時期は不明である。
まず，鑑定フジタ２年生株とされているものについてみると，種苗管理センター
に平成２５年８月３０日に持ち込まれた植物体は，「苗の齢が分からなかった」と
いうのであり，これが「２年生株」であったかどうかも明らかではない。
次に，鑑定フジタ１年生とされているものについてみると，種苗管理センターの10
担当者は，比較栽培試験において「苗の齢がそろっていないと正確な結果が得られ
ない」が，「（８月３０日に持ち込まれたものの）苗の齢が分からなかった」こと
から，「植苗後１０か月程度育てたトットリフジタ１号」の提出を警察に求めたと
証言している（乙７１）ところ，この求めに応じて，同年９月６日，鳥取警察署が
種苗管理センターに種苗を送ったものが「１年生」とされたものである。このこと15
は，Ｐ５から，「当社で１０か月程度育てたトットリフジタ１号」の提出があった
ので領置したとの捜査報告書（乙７５添付資料）の記載からも明らかであって，「警
察から１年生株，２年生株を求められたときもこの区別で提出した」とのＰ５の証
言（乙７２）は虚偽である。
そして，種苗管理センターが「植苗後１０か月程度育てたトットリフジタ１号」20
の提出を求めたのは平成２５年９月初めであるから，「植苗後１０か月程度育てた
トットリフジタ１号」の「植苗」時期は平成２４年１０月か１１月頃ということに
なり，そうすると，鳥取警察署から種苗管理センターに９月６日に宅配便で送られ
てきた植物体は，明らかに冬を越しており，冬を経験していないものが「１年生株」，
冬を経験したものが「２年生株」であるとするＰ５の定義によれば，これは「２年25
生株」とされるべきものであるのもかかわらず，「１年生株」と呼称されている。
他方，本件被疑種苗については，Ｐ６が，平成２５年８月１日に本件料金所から
領置された苗の写真を見て，「１冬超した，２年生株くらいで間違いない。」と思
ったと証言しており，種苗管理センターにおいても，「２年生株」とされたもので
あるが，その作型や定植・挿し木の正確な時期は不明であり，トットリフジタ１号
や鑑定フジタ１年生，鑑定フジタ２年生と「同一の栽培条件」であるかを検討しよ5
うがない。
(ｳ)本件比較栽培試験が，種苗管理センターが自ら定めた「比較栽培試験」
方法に違反していること
本件比較栽培試験では，種苗管理センター業務方法書（甲１５７）第７条の「栽
培試験の実施に当たっては，農林水産省食料産業局長が定める一般審査基準及び種10
類別審査基準に準拠するとともに，センターが植物の種類ごとに定める栽培特性調
査マニュアルに基づき行うものとする。」とする規定に反し，「栽培特性調査マニ
ュアル」は作成されていない。
また，種苗管理センター育成者権侵害対策実施細則（甲１５７）の第２の２項に
は，「比較栽培試験」は，「品種登録に係る栽培試験と同一の方法」で行わなけれ15
ばならないと書かれており，具体的には，「耕種概要」に書かれている方法による
ことになるにもかかわらず，本件では，「耕種概要」に記載された栽培方法と，種
苗管理センターの「比較栽培試験」の栽培方法とは大きく異なっている。
具体的には，「耕種概要」には，キリンソウの栽培条件について，「作型雨除
け無加温鉢栽培，挿し木春（４～５月），天挿し，無摘心，定植６月下５20
号鉢」とされているのに対し，本件比較栽培試験の栽培条件は，「作型露地
鉢栽培，登録品種（鑑定フジタ１年生，鑑定フジタ２年生）・比較品種（本件被
疑種苗）の定植平成２５年９月９日，標準品種の挿し木平成２５年９月１８日」
とされたものである。
さらに，トットリフジタ１号の「特性」については，「特性審査基準（案）」（甲25
１４６）に記載されているところ，階級値の記載はあるが，量的形質についての階
級幅の記載はないことから，量的形質については，トットリフジタ１号の形質と比
較のしようがない。
また，本件比較栽培試験の判定に用いられた「キリンソウ階級値設定表（平成２
６年種苗管理センター本所）」（乙５０ｐ１０）の階級値は，本比較栽培試験の測
定値及び観測結果をもとに物差しを作ったもので，鑑定方法が杜撰である。5
そもそも階級値設定表作成権限は農林水産省にあり，品種類似試験で種苗管理セ
ンターに階級値設定表作成権限はない。階級値設定表は品種類似性試験の結果を判
断する「ものさし」であるのに，その物差しを試験結果データをもとに作ること自
体が重大な論理矛盾である。
また，「キリンソウ階級値設定表（平成２６年種苗管理センター本所）」の下（乙10
５０ｐ１１）には，「階級値設定表は，標準品種が設定されている形質は標準品種
を使用し，標準品種が設定されていない形質及び，今回試供していない標準品種が
設定してある形質は登録品種の登録値を基に設定した」とあり，具体的には富山在
来，佐渡在来のきりんそうが標準品種として指定されている形質では今回の試験で
富山在来と佐渡在来のキリンソウを試供したものであるが，一部形質では登録品種15
だけを基に階級値，階級値幅を決定している。本件審査基準で，標準品種は形質ご
とに決められ，その階級値も決められているのに，大雪山，ヴァリエガーツム，新
潟在来は供試すらされておらず，その点でも杜撰な鑑定方法である。
(ｴ)特性の比較
ａトットリフジタ１号と，鑑定フジタ１年生，鑑定フジタ２年生及び20
本件被疑種苗の特性が大きく異なっていること
①トットリフジタ１号と本件被疑種苗（本件入口料金所から領置し
た株）の特性の差異（別紙「特性対比表１」）
別紙「特性対比表１」のとおり，トットリフジタ１号と本件被疑種苗（入口）の
特性には，以下のとおり８点の特性の差がある。（トットリフジタ１号の量的形質に25
は測定値の記載がないため，階級差が１のものでも階級幅が１階級分以上かどうか
判断できない。したがって，量的形質については階級差が２以上の場合を，「明確に
区別される」程度の差異があるとした。）
・「７茎の長さⅠ」（量的形質）階級差２
・「１０茎の太さⅡ」（量的形質）階級差２
・「１１茎の色Ⅰ」（質的・疑似質的形質）階級差５5
・「１４葉形Ⅰ」（質的・疑似質的形質）階級差１
・「２４葉のアントシアニンの着色部位」（質的・疑似質的形質）階級差１
・「２５葉のアントシアニンの色」（質的形質・疑似の質的形質）登録時のト
ットリフジタ１号は階級値なし，「阪神高速道路三宅西出口料金所か
ら領置した株」は階級値４，階級差は比較なし10
・「４０花序の幅」（量的形質）階級差は３
・「４８葯の色」（質的・疑似質的形質）階級差は２
②トットリフジタ１号と本件被疑種苗（本件出口料金所から領置し
た株）の特性の差異（別紙「特性対比表２」）
別紙「特性対比表２」のとおりトットリフジタ１号と本件被疑種苗（出口）の特15
性には，以下のとおり１０点の特性の差がある。（なお①と同様に量的形質について
は階級差が２以上の場合を，「明確に区別される」程度の差異があるとした。）
・「３株張り」（量的形質）階級差は２
・「７茎の長さⅠ」（量的形質）階級差は２
・「１０茎の太さⅡ」（量的形質）階級差は２20
・「１１茎の色Ⅰ」（質的・疑似質的形質）階級差は５
・「１４葉形Ⅰ」（質的・疑似質的形質）階級差は１
・「２４葉のアントシアニンの着色部位」（質的・疑似質的形質）階級差１
・「２５葉のアントシアニンの色」（質的形質・疑似の質的形質）
登録時のトットリフジタ１号は階級値なし，「本件出口料金所から領25
置した株」は階級値４，階級差は比較なし
・「４０花序の幅」（量的形質）階級差は３
・「４５花冠裂片の長さ」（量的形質）階級差は２
・「４８葯の色」（質的・疑似質的形質）階級差は２
③以上のとおり，トットリフジタ１号と本件被疑種苗（入口）及び
（出口）とでは，特性に大きな差異があることから，トットリフジタ１号と本件被5
疑種苗は，特性上，明確な区別性があり，「同一性」はないものというべきであり，
トットリフジタ１号と本件被疑種苗が同一の植物体であることを前提とする被告の
主張には理由がない。
ｂトットリフジタ１号と鑑定フジタ１年生，鑑定フジタ２年生の特性
の差異10
①トットリフジタ１号と鑑定フジタ1年生の特性の差異（別紙「特
性対比表３」）
別紙「特性対比表３」のとおり，トットリフジタ１号と鑑定フジタ１年生の特性
には，次の１０点の特性の差がある。（前記と同様に量的形質については階級差が２
以上の場合を，「明確に区別される」程度の差異があるとしている。）15
・「７茎の長さⅠ」（量的形質）階級差は３
・「８茎の長さⅡ」（量的形質）階級差は２
・「１０茎の太さⅡ」（量的形質）階級差は２
・「１１茎の色Ⅰ」（質的形質・疑似の質的形質）階級差は５
・「１４葉形Ⅰ」階級差は１20
・「２４葉のアントシアニンの着色部位」（質的形質・疑似の質的形質）
階級差は１
・「２５葉のアントシアニンの着色部位」（質的形質・疑似の質的形質）
「登録時トットリフジタ１号」は階級値なし，鑑定フジタ１年生は階級
値４，階級差は比較なし25
・「３９花序の長さ」（量的形質）階級差は２
・「４５花冠裂片の長さ」（量的形質）階級差は２
・「４８葯の色」（質的形質）階級差は２
②トットリフジタ１号と鑑定フジタ２年生の特性の差異（別紙「特
性対比表４」）
別紙「特性対比表４」のとおり，トットリフジタ１号と鑑定フジタ２年生の特性5
には，次の９点の特性の差がある。（前記の同様に量的形質については階級差が２以
上の場合を，「明確に区別される」程度の差異があるとしている。）
・「７茎の長さⅠ」（量的形質）階級差は２
・「１０茎の太さⅡ」（量的形質）階級差は２
・「１１茎の色Ⅰ」（質的形質・疑似の質的形質）階級差は５10
・「１４葉形Ⅰ」（質的形質・疑似の質的形質）階級差は１
・「２４葉のアントシアニンの着色部位」（質的形質・疑似の質的形質）
階級差は１
・「２５葉のアントシアニンの色」（質的形質・疑似の質的形質）
「登録時トットリフジタ１号」は階級値なし，鑑定フジタ２年生は階級15
値７，階級差は比較なし
・「４０花序の幅」（量的形質）階級差は３
・「４５花冠裂片の長さ」（量的形質）階級差は２
・「４８葯の色」（質的形質・疑似の質的形質）階級差は２
③以上のとおり，トットリフジタ１号と鑑定フジタ１年生及び鑑定20
フジタ２年生とでは，特性に大きな差異があることから，トットリフジタ１号と鑑
定フジタ１年生及び鑑定フジタ２年生との間に同一性はない。
(ｵ)トットリフジタ１号，鑑定フジタ１年生及び本件被疑種苗との区別
性について
本件比較栽培試験の問題点を措くとしても，鑑定フジタ１年生と本件被疑種苗25
との比較栽培試験の結果，両種苗には区別性があると判定されたものであるから，
仮に本件比較栽培試験の結果が妥当であれば，トットリフジタ１号，鑑定フジタ
１年生及び本件被疑種苗には明確区別性が認められることになる。
(ｶ)鑑定フジタ２年生と本件被疑種苗との区別性について
ａ比較栽培試験の結果について
種苗管理センターの比較栽培試験の結果では，鑑定フジタ１年生と本件被疑種5
苗との間には区別性が認められたが，鑑定フジタ２年生と本件被疑種苗との間に
は区別性が認められなかったとされている。
この点，鑑定フジタ１年生とされているのは，種苗管理センターは比較栽培試
験にあたって，本件被疑種苗の「齢」と同程度，すなわち「植苗後１０か月程度」
と判断したものであり，これについて，本件被疑種苗との区別性が認められると10
されたにもかかわらず，種苗管理センターが本件被疑種苗と「齢」すなわち「定
植時期」が異なっていると判断した鑑定フジタ２年生では｢区別性｣が認められな
かったという結果は，「苗の齢がそろっていないと正確な結果が得られない」との
種苗管理センター担当者の証言（乙７１）からすれば，不可解な試験結果という
ほかない。15
ｂ個別株の特性では｢区別性｣が認められること
比較栽培試験において，階級幅の比較を「平均値（中間幅）」を用いて比較すると
いう決まりなどはなく，個別苗において，以下のように多くの階級幅を超える「区
別性」が認められている，鑑定フジタ２年生と本件被疑種苗（出入口）に「区別性」
がないとすることはできない。20
①鑑定フジタ２年生と本件被疑種苗（入口）の特性の差異（別紙「表
５」）
表５は鑑定フジタ２年生のそれぞれの形質の測定値（平均値）に対し１階級値を
超える本件入口料金所から領置した株の株数を記載したものであるところ，以下の
とおり４形質において特性に差がある株がある。25
・「５草丈Ⅱ」（量的形質）
鑑定フジタ２年生の平均値５．８に対し本件被疑種苗（入口）は試験した２０株
の内５株において１階級値を超える差があった。１階級値を超える株を比較すると，
その差は最大３階級値幅あった。
・「８茎の長さⅡ」（量的形質）
鑑定フジタ２年生の平均値４．１に対し本件被疑種苗（入口）は試験した２０株5
の内４株において１階級値を超える差があった。１階級値を超える株を比較すると，
その差は最大３階級値幅あった。
・「１０茎の太さⅡ」（量的形質）
鑑定フジタ２年生の平均値３．５に対し本件被疑種苗（入口）は試験した２０株
の内４株において１階級値を超える差があった。１階級値を超える株を比較すると，10
その差は最大３階級値幅あった。
・「３９花序の長さ」（量的形質）
鑑定フジタ２年生の平均値２．８に対し本件被疑種苗（入口）は試験した７株の
内１株において１階級値を超える差があった。
②鑑定フジタ２年生と本件被疑種苗（出口）の特性の差異（別紙「表15
６」）
表６は鑑定フジタ２年生のそれぞれの形質の測定値（平均値）に対し１階級値
を超える本件出口料金所から領置した株の株数を記載したものであり，以下のとお
り６形質において特性に差がある株がある。
・「３草丈Ⅱ」（量的形質）20
鑑定フジタ２年生の平均値３７．７に対し本件被疑種苗（出口）は試験した５株
の内３株において１階級値を超える差があった。
・「５株張り」（量的形質）
鑑定フジタ２年生の平均値５．８に対し本件被疑種苗（出口）は試験した２０株
の内６株において１階級値を超える差があった。１階級値を超える株６株を比較す25
ると，その差は最大３階級値幅あった。
・「８茎の長さⅡ」（量的形質）
鑑定フジタ２年生の平均値４．１に対し本件被疑種苗（出口）は試験した２０株
の内３株において１階級値を超える差があった。１階級値を超える株３株を比較す
ると，その差は２階級値幅以上あった。
・「１０茎の太さⅡ」（量的形質）5
鑑定フジタ２年生の平均値３．５に対し本件被疑種苗（出口）は試験した２０株
の内７株において１階級値を超える差があった。１階級値を超える株７株を比較す
ると，その差は３階級値幅以上あった。
・「３１葉幅Ⅰ」（量的形質）
鑑定フジタ２年生の平均値２．１に対し本件被疑種苗（出口）は試験した５株の10
内１株において１階級値を超える差があった。
・「３８葉の枚数Ⅱ」（量的形質）
鑑定フジタ２年生の平均値２８．３に対し本件被疑種苗（出口）は試験した２０
株の内２株において１階級値を超える差があった。
③小括15
以上のとおり，鑑定フジタ２年生と本件被疑種苗（入口）では４形質で階級幅を
超える特性の差があり，鑑定フジタ２年生と本件被疑種苗（出口）では６形質で階
級幅を超える特性の差があり，いずれについても｢区別性｣が認められる。
イＤＮＡ鑑定について
(ｱ)Ｐ８教授のＤＮＡ鑑定によっては，鑑定フジタ２年生と本件被疑種苗20
との同一性は証明されていない。
「きりんそう」については，品種分析手法としての妥当性が確認されておらず，
そもそも植物に関するＤＮＡ鑑定は，人間に対するＤＮＡ鑑定と異なり，裁判で証
拠として用いられるレベルに達していない。
(ｲ)前記のとおり，現物主義からすれば，ＤＮＡ鑑定も，登録されたトッ25
トリフジタ１号と本件被疑種苗とのＤＮＡ鑑定が行われるべきことになる。しかし，
Ｐ８教授のＤＮＡ鑑定は，Ｐ５がトットリフジタ１号であると主張する権利行使時
の植物体と本件被疑種苗とのＤＮＡ鑑定しか行っていない。
(ｳ)ＤＮＡ鑑定を行ったＰ８教授は，捜査機関やＰ４との癒着があり，そ
の中立性に重大な疑問があるうえ，農林水産省が定めた「ＤＮＡ品種識別技術の妥
当性確認のためのガイドライン」に従って鑑定をしていない。5
具体的には，ガイドラインには品種間の多型性が高く，識別しやすいマーカーで
あることが重要とされているが，Ｐ８教授はマーカーの独立性を確認していないこ
とを自認しており，明らかにガイドラインに反している。また，Ｐ８教授は，特定
非営利活動法人ＤＮＡ鑑定学会（以下「ＤＮＡ鑑定学会」という。）が定めたマー
カー開発規則に反し，マーカーの再現性の確認も行っていない。他にも，分析する10
植物の由来を正確に把握せず，サンプルの混同を避けるための適切な措置も講じな
いなど，鑑定手法として杜撰である。
(ｴ)Ｐ８教授のＤＮＡ鑑定手法については，鑑定前に査読を経た論文発表
がされていない。
また，捜査段階での鑑定実施後，ＤＮＡ鑑定学会の妥当性検証を受けたＰ８教授15
のＤＮＡマーカー開発マニュアルについて，同学会の妥当性検証報告書では，主観
的な手法であり個々のデータに対する精度の議論が不可能な曖昧な手法であるとか，
通常の品種識別マニュアルのレベルには至っていない，など，Ｐ８教授のＤＮＡ鑑
定手法に対する否定的な評価がなされている。
(ｵ)捜査段階で行われたＤＮＡ鑑定に使われたＤＮＡマーカーは１０で20
あるのに対し，ＤＮＡ鑑定学会が妥当性検証を行ったＤＮＡマーカーは２０であり，
マーカー数が異なっている。しかも，その２０マーカーのうち，ＤＮＡ鑑定学会が
不適切とした２つのＳＴＳマーカー（Ａ－１０，Ａ－１６）は，捜査段階のＤＮＡ
鑑定で使われていたマーカーである。
(ｶ)Ｐ８教授がＤＮＡ鑑定学会に提出した「バンドパターン判別表」にお25
ける判断と，Ｐ８教授が鳥取警察からトットリフジタ１号とタケシマキリンソウ（１
ないし８）とのＤＮＡ鑑定を嘱託されて鑑定した結果を記載した文書における判断
には，次のとおり齟齬があり，信用できない。
①タケシマキリンソウ１における判断の齟齬
・マーカー２５１
バンドパターン判別表では，トットリフジタ１号とトットリフジタ２号とタケ5
シマキリンソウ１はそれぞれ異なると判断しているが，鑑定意見書では，トットリ
フジタ１号とトットリフジタ２号とタケシマキリンソウ１は全て同じと判断してい
る。
・マーカー２６３
バンドパターン判別表では，トットリフジタ１号とタケシマキリンソウ１は異10
なると判断しているが，鑑定意見書では，トットリフジタ１号とタケシマキリンソ
ウ１は同じと判断している。
・マーカー２７４
バンドパターン判別表では，トットリフジタ１号とタケシマキリンソウ１は異
なると判断しているが，鑑定意見書では，トットリフジタ１号とタケシマキリンソ15
ウ１は同じと判断している。
・マーカー３３２
バンドパターン判別表では，トットリフジタ１号とタケシマキリンソウ１は異
なると判断しているが，鑑定意見書では，トットリフジタ１号とタケシマキリンソ
ウ１は同じと判断している。20
②タケシマキリンソウ２における判断の齟齬
・マーカー２５１
バンドパターン判別表では，トットリフジタ１号とトットリフジタ２号，トッ
トリフジタ１号と「タケシマキリンソウ２は異なる，トットリフジタ２号とタケシ
マキリンソウ２は同じと判断しているが，鑑定意見書では，トットリフジタ１号と25
トットリフジタ２号とタケシマキリンソウ２は全て同じと判断している。
・マーカー２６３
バンドパターン判別表では，トットリフジタ１号とタケシマキリンソウ２は異
なると判断しているが，鑑定意見書では，トットリフジタ１号とタケシマキリンソ
ウ２は同じと判断している
・マーカー２７４5
バンドパターン判別表では，トットリフジタ１号とタケシマキリンソウ２は異
なると判断しているが，鑑定意見書では，トットリフジタ１号とタケシマキリンソ
ウ２は同じと判断している。
③タケシマキリンソウ３における判断の齟齬
・マーカー２５１10
バンドパターン判別表では，トットリフジタ１号とトットリフジタ２号，トッ
トリフジタ１号とタケシマキリンソウ３は異なる，トットリフジタ２号とタケシマ
キリンソウ３は同じと判断しているが，鑑定意見書では，トットリフジタ１号とト
ットリフジタ２号とタケシマキリンソウ３は全て同じと判断している。
④タケシマキリンソウ６ないし８における判断の齟齬15
・マーカー２５１
バンドパターン判別表では，トットリフジタ２号とタケシマキリンソウ７とタ
ケシマキリンソウ８は全て同じと判断しているが，鑑定意見書では，トットリフジ
タ２号とタケシマキリンソウ７とタケシマキリンソウ８は全て異なると判断してい
る。20
・マーカー２７４
バンドパターン判別表では，トットリフジタ１号とトットリフジタ２号とタケ
シマキリンソウ６ないし８は全て同じと判断しているが，鑑定意見書では，トット
リフジタ１号とトットリフジタ２号とは同じ，タケシマキリンソウ６ないし８は全
て同じ，トットリフジタ１号及びトットリフジタ２号とタケシマキリンソウ６ない25
し８は異なると判断している。
・マーカー２９３
バンドパターン判別表では，タケシマキリンソウ６とタケシマキリンソウ７は
同じと判断しているが，鑑定意見書では，タケシマキリンソウ６とタケシマキリン
ソウ７は異なると判断している。
・マーカー３３２5
バンドパターン判別表では，タケシマキリンソウ７とタケシマキリンソウ８は
同じ，タケシマキリンソウ６とタケシマキリンソウ７及び８は異なると判断してい
るが，鑑定意見書では，タケシマキリンソウ６とタケシマキリンソウ７は同じ，タ
ケシマキリンソウ６及び７とタケシマキリンソウ８は異なると判断している。
・マーカー３６６10
バンドパターン判別表では，タケシマキリンソウ６とタケシマキリンソウ７は
同じ，トットリフジタ１号とタケシマキリンソウ６及び７は異なると判断している
が，鑑定意見書では，タケシマキリンソウ６とタケシマキリンソウ７は異なる，ト
ットリフジタ１号とタケシマキリンソウ７は同じと判断している。
ウ被告の主張について15
(ｱ)原告がＰ２のもとでタケシマキリンソウの増殖を開始したのは平成
２３年１２月頃である。原告がＰ９からタケシマキリンソウを仕入れていたことに
するため，Ｐ２に「タケシマ」，「株数」を書いたポストイットを手渡したことは
事実である。しかし，これは，平成２３年４月頃に，トットリフジタ１号が大量に
枯れ，急遽苗を購入しなければならない事態となった際，やむを得ず，Ｐ４やＰ７20
の事前の了解なく増殖をし，後日同量分を購入する「後払い」方式を採ったものの，
その後払いができていなかったことから，Ｐ９のＰ１１からタケシマキリンソウを
仕入れていたことにして辻褄を合わせるために行ったことである。
(ｲ)原告は，被告の育成者権を侵害した事実がなかったことから，Ｐ１０
の提案には応じていない。25
(3)争点３（被告の本件育成者権１に基づく請求は，本件品種登録１に無効・
取消理由があることにより，権利濫用として許されないか）について
（原告の主張）
ア原始的瑕疵１（育成者性の欠如）
被告は，Ｐ５がトットリフジタ１号を「育成」（人為的変異又は自然的変異に係
る特性（重要な形質に係る特性）を固定し又は検定すること）したとして品種登録5
を受けているが，真実は，単に桐蔭横浜大学准教授(当時)のＰ１２（以下「Ｐ１２
准教授」という。）から譲り受けたタケシマキリンソウをそのまま登録したにすぎ
ない。
トットリフジタ１号は公知の植物体であるタケシマキリンソウにすぎないのであ
るから，そもそも品種登録の要件を満たさないものであるが，仮に品種登録の要件10
を満たすとしても，「育成者」と認定される可能性があるのはＰ１２准教授である。
したがって，本件品種登録１は「育成者」でない者が出願した冒認出願であり，無
効又は取消事由がある。
万が一，トットリフジタ１号が品種登録の要件を満たしたうえ，Ｐ５がその育成
に何らかの寄与をしたとしても，Ｐ１２准教授に無断で行った出願は共同出願違反15
であるから，本件品種登録１は無効又は取消事由がある。
イ原始的瑕疵２（区別性の欠如）（予備的主張）
トットリフジタ１号はＰ５がＰ１２准教授から譲り受けたタケシマキリンソウな
のであるから，その「タケシマキリンソウ」と明確区別性などない。このことは，
次の事実から明らかである。20
(ｱ)一般社団法人日本食品分析センター（以下「日本食品分析センター」
という。）によるＤＮＡ塩基配列解析試験の「試験報告書」（甲６３）の鑑定結果
は，トットリフジタ１号とタケシマキリンソウが遺伝子のレベルで同一の品種であ
ること，トットリフジタ１号がキリンソウとは別種であることを示している。
また，Ｐ１２准教授のタケシマキリンソウとトットリフジタ１号はＰ８教授のＤ25
ＮＡ鑑定において一致しており（甲１４０，１４１），Ｐ８教授自身両者について
「同一の植物，クローンだと思います」と述べている（甲１０２の２ｐ９１）。
(ｲ)そもそもトットリフジタ１号はキリンソウ由来ではなく，タケシマキ
リンソウ由来であり，また，Ｐ１２准教授は，Ｐ５に，同人が品種登録の申請を行
う前にタケシマキリンソウを譲渡したものである。
(ｳ)トットリフジタ１号は，Ｐ１１が保有していたイエリト社から購入し5
たタケシマキリンソウとも明確区別性がない。このことは，①トットリフジタ１号
と「タケシマキリンソウ」の区別はできない旨Ｐ１１が述べていること（甲１４９），
②Ｐ８教授のＤＮＡ鑑定の結果，トットリフジタ１号と一致したとされるＰ１１・
１ないし５（甲１５０）とＰ１１・２０ないし２２（甲１４４）はイエリト社から
購入したタケシマキリンソウであること（甲１４８）から明らかである。10
(ｴ)トットリフジタ１号とタケシマキリンソウは，ともに多くの花を付け
る特性を有するものであり，このことは，これらの品種登録願に添付された写真か
ら明らかである。
(ｵ)種苗法６８条は「詐欺の行為により品種登録を受けた者」に対する処
罰を規定している。育成者権者が，トットリフジタ１号がＰ１２准教授から譲り受15
けたタケシマキリンソウであることを秘して，柏崎産のキリンソウ由来である旨を
故意に申告し，又は育成者と認定されるべきＰ１２准教授に無断で品種登録を受け
たというのであれば，種苗法６８条に該当する行為であり，許されるものではない。
したがって，本件品種登録１は無効又は取消事由がある。
ウ原始的瑕疵３（未譲渡性（新規性）の欠如）20
トットリフジタ１号はＰ５がＰ１２准教授から譲り受けたタケシマキリンソウで
あるところ，Ｐ１２准教授は，そのタケシマキリンソウをＰ５だけでなく緑化関係
の企業数社に配った旨証言している。
そして，仮にトットリフジタ１号が品種登録の要件を満たすとすれば，育成権者
はＰ１２准教授と認定されるべきであるところ，そのＰ１２准教授が守秘義務を課25
すことなく「業として」タケシマキリンソウを譲渡していたのであるから，当該品
種登録は未譲渡性（新規性）の要件を満たさない。
なお，Ｐ１２准教授がタケシマキリンソウを「業として」譲渡していたという事
実は，タケシマキリンソウが公知の植物体であったことを示す事実でもある。
したがって，本件品種登録１は無効又は取消事由がある。
エ後発的瑕疵１（均一性，安定性の喪失）5
登録時のトットリフジタ１号と鑑定フジタ１年生，登録時のトットリフジタ１号
と鑑定フジタ２年生，鑑定フジタ１年生と鑑定フジタ２年生の特性をそれぞれ比較
すると，それぞれが特性において「明確に区別される」ことが明らかである。
(ｱ)登録時のトットリフジタ１号と鑑定フジタ１年生の特性の差異（別紙
「特性対比表①」）10
上記のとおり登録時のトットリフジタ１号と鑑定フジタ１年生の特性の差異は１
０点である。
(ｲ)登録時のトットリフジタ１号と鑑定フジタ２年生の特性の差異（別紙
「特性対比表②」）
上記のとおり，登録時のトットリフジタ１号と鑑定フジタ２年生の特性の差異は15
９点である。
(ｳ)鑑定フジタ１年生と鑑定フジタ２年生の特性の差異（別紙「特性対比
表③」）
別紙「特性対比表③」のとおり，鑑定フジタ１年生と鑑定フジタ２年生の特性の
差異は，次の４点である。なお，鑑定フジタ１年生と鑑定フジタ２年生の量的形質20
については，測定値が記載されているため，階級差が１のものでも階級幅が１以上
かどうか判断できる。したがって，それら階級差が１で階級幅が１以上の量的形質
も，「明確に区別される」程度の差異があるとして以下記載している。
ａ「７茎の長さⅠ」（量的形質）階級差は１
ｂ「８茎の長さⅡ」（量的形質）階級差は１25
ｃ「３９花序の長さ」（量的形質）階級差は３
ｄ「４０花序の幅」階級差は２
(ｴ)なお，登録時のトットリフジタ１号と登録時のトットリフジタ２号の
特性の差異は，次の４点である。（別紙「特性対比表④」）
ａ「５草丈Ⅱ」（量的形質）階級差は２
ｂ「６茎の伸長程度」（質的形質・疑似の質的形質）階級差は２5
ｃ「８茎の長さⅡ」（量的形質）階級差は２
ｄ「１９葉の鋸葉の形」（質的形質・疑似の質的形質）階級差は３
(ｵ)まとめ
以上からすると，登録時のトットリフジタ１号と鑑定フジタ１年生及び鑑定フジ
タ２年生の特性の差異は，「明確に区別される」とされている登録時のトットリフ10
ジタ１号と登録時のトットリフジタ２号の特性の差異よりも，数も多ければ階級差
も大きいものもある。
そして，登録時のトットリフジタ１号と鑑定フジタ２年生の特性の差は前記のと
おりであり，鑑定フジタ２年生は平成２３年８月頃に挿し木をした株であることか
らすると，遅くとも平成２３年８月頃までには，登録時のトットリフジタ１号と区15
別性を有し，種苗法３条１項３号（安定性）の登録要件を欠くに至っていたという
べきである。
そして，この事実は，平成２３年８月の状況として，同一の繁殖の段階にある個
体数に対し，相当に高い割合で異型個体（トットリフジタ１号と区別性が認められ
る個体）が存在し，トットリフジタ１号が均一性を欠いていたことを強く示唆して20
いる。
また，鑑定フジタ１年生と登録時のトットリフジタ１号の特性の差異は前記のと
おりであり，挿し木をしてから１年程度経過した株と考えられる鑑定フジタ１年生
は，鳥取警察署への提出日が平成２５年９月５日であることからすると，平成２４
年８月頃に挿し木をした株ということになるから，遅くとも平成２４年８月頃まで25
には，登録時のトットリフジタ１号とは区別性があり，種苗法３条１項３号（安定
性）の登録要件を欠くに至っていたというべきであり，いずれにしても後発的取消
事由（同法４９条１項２号）を有することが明らかとなっている。そして，前記同
様に，この事実は，平成２４年８月の状況として，トットリフジタ１号が均一性を
欠いていたことを強く示唆している。
さらに，鑑定フジタ１年生及び鑑定フジタ２年生の特性も，「明確に区別される」5
程度に異なっていることから，トットリフジタ１号は，遅くとも平成２４年８月頃
には均一性・安定性の要件を充たしておらず，トットリフジタ１号の登録は取消事
由があることが明白である。
オ後発的瑕疵２（均一性の喪失）
本件比較栽培試験に用いられた鑑定フジタ１年生，鑑定フジタ２年生は，個別の10
株ごとに見ると，形質ごとの平均値から１階級値以上異なった物も多くある。した
がって，鑑定フジタ１年生，鑑定フジタ２年生は，個別の株ごとでは「明確に区別
される」と判断されることとなり，均一性の要件に欠ける。
すなわち，別紙⑤，別紙⑥から明らかなとおり，形質№５「草丈Ⅱ」は①鑑定フ
ジタ１年生においては２０株中１０株が平均値から１階級値以上離れており，②鑑15
定フジタ２年生においては２０株中７株が平均値から１階級値以上離れている。
また，形質№１０「茎の太さⅡ」は①鑑定フジタ１年生においては２０株中４株
が平均値から１階級値以上離れており，②鑑定フジタ２年生においては２０株中４
株が平均値から１階級値以上離れている。
したがって，本件品種登録１は取消事由があることが明白である。20
カ被告の主張について
(ｱ)特許法１０４条の４で特許侵害訴訟において主張が制限されるのは
「当該特許を取り消すべき旨の決定又は無効にすべき旨の審決」が確定した時であ
り，行政手続において取り消さない（無効でない）という判断がされたときは，主
張は制限されない。また，特許無効審判においても，一度確定した審判につき「当25
事者及び参加人は，同一の事実及び同一の証拠に基づいて」（特許法１６７条）再
度審判を求めることはできないとされている。しかし，原告の申立てにかかる異議
決定（甲１４）では，「品種登録制度における登録の単位は『種』よりも小さい集
団である『品種』であり，・・・異議申立人が添付している証拠は，いずれもタケ
シマキリンソウの『種』に関する記述にとどまり，タケシマキリンソウ種に属する
特定の『品種』が公然知られていたことを示すものではない。」（４ｐ）という理5
由によって申立てが棄却されているのであるから，抽象的な主張であったことが問
題とされたもので，実質的に具体的な判断がなされたものではない。また，Ｐ１０
の異議申立て及びＰ１３の異議申立て並びにこれらに対する取消請求訴訟の存在は，
そもそも本件訴訟の当事者ではない者の手続であるから，特許法１０４条の３の趣
旨を勘案しても主張が排斥される根拠とはなり得ないものである。加えて，本件に10
おいては行政手続に提出されていない事実，証拠に基づいて種苗登録の無効又は取
消事由を主張しているのであるから，被告の主張には理由がない。
また，異議申立棄却決定に対する取消訴訟において判断されたのは，主として行
政事件訴訟法上の論点であり，トットリフジタ１号の無効ないし取消原因の有無に
ついては判断されていない。15
(ｲ)トットリフジタ１号は，量的形質に関し，鑑定フジタ２年生とは４項
目，鑑定フジタ１年生とは５項目もの相違が確認されているところ，これは被告の
いうような生育環境の違いでは説明のつかない程度の差異である。また，トットリ
フジタ１号は，鑑定フジタ１年生及び鑑定フジタ２年生と，生育環境の影響を受け
にくい質的形質及び疑似の質的形質においても明らかに相違しており，これも，被20
告のいうような栽培地や栽培年の違いでは説明がつかないものである。
(ｳ)農水省登録出願審査要綱の「第５安定性の判定に関する基準」では，
「２安定性は出願品種について・・・全ての繁殖の段階の個体」で「安定性」が
必要とされ，また，種苗法第３条１項３では，「繰返し繁殖させた後においても特
性の全部が変化しないこと」とされており，繁殖の段階の規定はない。すなわち，25
仮に「１年生株」と「２年生株」があるとしても，「１年生株」も「２年生株」も
その特性が「同じでなければならず」，「１冬越したものと２冬越したもの」の特
性が違っていてよいことにはならない。
（被告の主張）
ア原始的瑕疵１（育成者性の欠如）の主張について
Ｐ５がトットリフジタ１号の育成を開始したのは平成１０年４月であるのに対し，5
Ｐ１２准教授がＰ５にタケシマキリンソウを譲渡したのは平成１２年である（乙７
４の４ｐ及び１４ｐ）から，トットリフジタ１号を育成した者がＰ１２准教授であ
るとは認められず，Ｐ５の育成に関与（共同育成者）したとも認められない。
イ原始的瑕疵２（区別性の欠如）の主張について
(ｱ)複数の異議申立ての事実と原告の異議申立て10
トットリフジタ１号については，農林水産省に対して次のとおり主張する異議申
立てがなされている。
①原告（甲１４）
トットリフジタ１号は公然知られた品種であるタケシマキリンソウと明確に区別
されず，種苗法３条１項１号の規定に違反して登録されたものである。15
②Ｐ１０（甲１５）
トットリフジタ１号及び２号は公然知られた品種であるタケシマキリンソウと明
確に区別されず，種苗法３条１項１号の規定に違反して登録されたものである。
③Ｐ１３（乙８２及び乙８３）
別種を親と偽った登録申請である。20
トットリフジタ１号及び２号は公然知られた品種であるタケシマキリンソウと明
確に区別されず，種苗法３条１項１号の規定に違反して登録されたものである。
そして，これらの異議申立ては全て棄却（甲１４及び甲１５）又は却下（乙８３）
されており，②の異議棄却決定に対しては取消訴訟が提起されたが，Ｐ１０の請求
棄却判決が確定している（乙８０及び乙８１）。特に重要な事実は，原告自身が「ト25
ットリフジタ１号は公然知られた品種であるタケシマキリンソウと明確に区別され
ず，種苗法３条１項１号の規定に違反して登録されたものである」との異議申立て
を行い，これが棄却されている事実である（甲１４）。種苗法そのものには準用は
ないが，登録要件を欠く育成者権の行使が権利の濫用であると解釈されることから
すれば（知財高判平成１８年１２月２１日平成１８年（ネ）第１００５９号[エリン
ギ事件高裁判決]），行政手続において一旦争い確定した事実を，再度主張すること5
は，特許法１０４条の３の趣旨からして，「特許無効審判により・・・無効にされ
るべきものと」認められないことから，事実上排斥されるべきこととなる。また，
訴訟法的にも異議申立ての蒸し返しであり，特許法１０４条の３第２項の趣旨から
も，そもそも当該主張自体許されないものと解される。
よって，原告主張の無効又は取消事由のうち，「トットリフジタ１号は公然知ら10
れた品種であるタケシマキリンソウと明確に区別されず，種苗法３条１項１号の規
定に違反して登録されたものである。」との主張は，そもそも主張自体失当である。
(ｲ)特性が異なること
タケシマキリンソウは花が沢山咲くのに対し，トットリフジタ１号は花があまり
咲かない（乙４３Ｐ１０供述調書３ｐ）。また，甲７９に記載のとおり，これら15
は葉形，葉長等も異なるものである。
また，トットリフジタ１号が他の品種と区別性が認められた特徴部分は「『新潟
在来』及び『佐渡在来』と比較して，冬季の茎の伸長程度が強く，萌芽が早いこと
等」である（甲９２の２「（４）区別性について」，甲９２の４）ところ，登録時
のトットリフジタ１号，鑑定フジタ２年生及び鑑定フジタ１年生は，いずれも冬季20
の茎の伸長程度（番号６）は「強」とされている（乙５０，乙５１，甲１００の１
及び甲１００の２）。
これに対し，タケシマキリンソウは，冬季（１２月ないし１月）において，ほと
んど茎の伸長が認められない。
以上のとおり，少なくとも，①花の咲く数，②冬の茎の伸長程度の２点において，25
トットリフジタ１号とタケシマキリンソウとは明確に異なることから，両品種の間
に明確区別性が認められることは明らかである。
(ｳ)ＤＮＡが異なること
原告は，トットリフジタ１号とキリンソウのＤＮＡが異ならないことを理由に，
新潟県柏崎産のキリンソウが母親であるとする被告の主張は虚偽であるとして，Ｐ
５が育成者であることを否定する。5
しかし，原告の根拠とするＤＮＡ分析結果は，日本食品分析センターの鑑定結果
にすぎない。そもそも，現在国として植物のＤＮＡ分析技術が開発され，又は開発
中のものは稲などにとどまり，キリンソウは含まれていない。すなわち，キリンソ
ウ自体のＤＮＡ分析技術は開発されていないものであるから，原告のいうＤＮＡ分
析結果は信用性がない。10
(ｴ)Ｐ１２准教授及びＰ１１のタケシマキリンソウとトットリフジタ１
号とがＰ８教授のＤＮＡ鑑定において一致したとの主張について
Ｐ１２准教授もＰ１１もトットリフジタ１号をタケシマキリンソウとあわせて育
成していたことから，ＤＮＡ鑑定（甲１４０，甲１４４）においてトットリフジタ
１号とＤＮＡ情報が同一であるとされたキリンソウは，いずれもトットリフジタ１15
号であると認められる。
また，ＤＮＡ鑑定（甲１４０，甲１４４）に供された「タケシマキリンソウ平成
１１年鉾葉」は，真実は平成２５年頃にＰ１２准教授が入手したものであることか
ら，当該「タケシマキリンソウ平成１１年鉾葉」が「トットリフジタ１号」との間
でＤＮＡ鑑定によれば同一品種と認められるとしても，トットリフジタ１号の品種20
登録出願日後の品種と一致しているにすぎず，区別性欠如の理由として失当である。
トットリフジタ１号と混入可能性のない場所で育成されたタケシマキリンソウは，
いずれもトットリフジタ１号とはＤＮＡ情報が異なるとの鑑定結果が出ている。
そもそも，ＤＮＡ鑑定の結果は間接証拠にすぎず，原告自身もその妥当性，信用
性を否定している。25
区別性有無の判断において最も重要なのは比較栽培試験であるにもかかわらず，
本件では，タケシマキリンソウとトットリフジタ１号との比較栽培試験が行われて
いない。
ウ原始的瑕疵３（未譲渡性（新規性）欠如）の主張について
タケシマキリンソウは出願品種であるトットリフジタ１号とは区別される異なる
品種であることから，原告の主張は前提において失当である。5
加えて，Ｐ１２准教授がトットリフジタ１号の出願日（平成１６年２月１０日）
前にタケシマキリンソウを第三者に譲渡したことは認めるが，当該譲渡が「業とし
て」なされたことは否認する。
エ後発的瑕疵１（均一性，安定性の喪失）の主張について
(ｱ)栽培条件の相違について10
植物体の生育には，土壌，気温（寒暖差含む），湿度，日照，通風等，種々の条
件が影響する。したがって，栽培条件が異なる植物体を比較しても，均一性や安定
性の有無を判断することはできないから，登録時のトットリフジタ１号と，異なる
栽培条件における鑑定フジタ１年生及び鑑定フジタ２年生との均一性・安定姓の喪
失を主張する原告の主張は，前提において理由がない。15
すなわち，登録時のトットリフジタ１号は平成１９年１月１２日の鳥取県岩美郡
＜以下略＞における特性を調査したものである（甲９２の２ないし４）。
これに対し，鑑定フジタ１年生及び鑑定フジタ２年生は，いずれも平成２６年１
月ないし８月における，茨城県つくば市＜以下略＞における特性を調査したもので
ある（乙５０及び乙５１）。このように場所も時期も異なることからすれば，その20
土壌，気温，日照時間，通風等全て異なるのであり，登録時のトットリフジタ１号
と鑑定フジタ１年生及び鑑定フジタ２年生の栽培条件が異なるものであることは自
明であり，異なる栽培条件であることを無視した原告の主張は理由がない。
原告は，質的形質及び疑似の質的形質は生育環境の影響を受けにくいと主張する
が，「１１茎の色」，「２４葉のアントシアニンの着色部位」は日照条件の影25
響を少なからず受けるのであり，「１４葉形」，「４８葯の色」も連続して変
異するものであるから，栽培条件で説明がつかないものではない。
(ｲ)原告の主張に理由がないことは，均一性（種苗法３条１項２号）の要
件が，「同一の繁殖の段階（同一世代）に属する植物体の全てが特性の全部におい
て十分に類似していること」と，同一世代であることを要求していることから自明
である。5
すなわち，均一性の要件は「同一の繁殖の段階」の比較が必要であり，齢の異な
る植物体を比較することに意味はない。
オ後発的瑕疵２（均一性の喪失）の主張について
上記なめこ事件知財高裁判決が判示するとおり「特性差が上記の範囲内にとどま
らないとしても，相違する項目やその程度，植物体の種類，性質等を総合的に考慮10
して，『登録品種と特性により明確に区別されない品種』への該当性を肯定するこ
とができる場合もある」のである。
そして，トットリフジタ１号が他の品種と区別性が認められた特徴部分は「『新
潟在来』及び『佐渡在来』と比較して，冬季の茎の伸長程度が強く，萌芽が早いこ
と等」である（甲９２の２「（４）区別性について」，甲９２の４）。15
この点，登録時のトットリフジタ１号，鑑定フジタ１年生，鑑定フジタ２年生は，
いずれも冬季の茎の伸長程度（番号６）は「強」とされている（乙５０，乙５１，
甲１００の１及び甲１００の２）。
よって，それ以外の特性において差異が生じていることを理由に均一性の欠如を
いう原告の主張には理由がない。20
(4)争点４（消尽の成否）について
（原告の主張）
原告製品３には，被告から許諾を受けたフジタが生産しＰ７を介して原告に販
売したトットリフジタ１号が使用されていた（甲２８，甲３８，甲３９）。
種苗法２１条４項は，「専用利用権者若しくは通常利用権者の行為により登録品25
種等の種苗，収穫物又は加工品が譲渡されたときは，当該登録品種の育成者権の
効力は，その譲渡された種苗，収穫物又は加工品の利用には及ばない」と規定され
ている。
よって，原告製品３については，最初の譲渡の時点で被告の育成者権は消尽し
ており，その効力は「その譲渡された種苗，収穫物又は加工品の利用」には及ばな
い。5
また，原告製品３に使用されていたメキシコマンネングサが，トットリフジタ
１号と特性により明確に区別されることは既に説明した。
したがって，原告が原告製品３を販売する行為について，被告の本件育成者権
１侵害に基づく損害賠償請求権は存在しない。
（被告の主張）10
原告は，被告に無断でトットリフジタ１号及びトットリフジタ２号の種苗を増殖
しているものであるから（種苗法２１条４項但書き），最初の譲渡の時点で被告の
育成者権は消尽しているとの主張は失当である。
第３当裁判所の判断
１争点１（確認の利益の有無）について15
(1)確認の利益が認められるためには，原告の権利又は法律的地位に危険・不
安が現存し，かつ，その危険・不安を除去する方法として原告被告間に当該請求に
ついて確認判決をすることが有効適切であることが必要である。
ところで，本件では，争点１に関する当事者の主張のとおり，本件種苗１及び２
であるタケシマキリンソウがトットリフジタ１号及びトットリフジタ２号と特性に20
より明確に区別される別品種であることは当事者間に争いがなく，そのため，被告
は，原告が同種苗を生産等する行為やそれを使用した原告製品１及び２を販売する
行為について，被告が本件育成者権に基づく差止請求権を有しないことを争ってい
ない。そこで，原告の請求第１項及び第２項に係る差止請求権不存在確認の訴えに
ついて，確認の利益が認められるかが問題となる。25
(2)証拠及び弁論の全趣旨によれば次の事実が認められる。
アＰ１４は，平成２６年１０月７時点のウェブページにおいて，「植物に
おける登録品種は財産です！」との表題の文書を掲載していた（甲３７）。そこで
は，「屋上緑化や壁面緑化で使用されている常緑キリンソウ（トットリフジタ１号
（登録番号１５８６６号））は，種苗法で保護された植物です。」，「常緑キリン
ソウの正規品の利用に当たりましては，常緑キリンソウ普及協会において物件登録5
…を行い管理しております。購入に当たりましては，正規品・正規取扱店をご利用
下さい。」と記載し，正規取扱店として，Ｐ１５，Ｐ１６，Ｐ１４を記載していた。
なお，Ｐ１５は，Ｐ４と本店所在地及び代表者を共通にする会社である（甲３６）。
イ被告の代理人弁護士は，原告に対し，同年１１月１１日付けの通知書に
おいて，「貴社は，通知人に無断で，トットリフジタ１号，トットリフジタ２号を10
業として生産，販売しており，通知人の育成者権を侵害するものと思料されます。」
として，その生産販売等の中止を求めた（甲４５）。
ウ常緑キリンソウ普及協会は，平成２７年１月２６日以降，「建築士事務
所各位様」宛てに，「常緑キリンソウ増殖品にご注意ください」とのタイトルの下
に，「最近「常緑キリンソウ」（トットリフジタ１号：品種登録番号１５８６６号）15
を違法に増殖したもの（種苗法違反）が出回っていることが確認されています。「常
緑キリンソウ」をご使用の際は，正規の販売代理店でお買い求めいただきますよう
お願い申し上げます。」，「＊種苗法の適用範囲は工事を行った業者も流通業者も
適用範囲となります。」，「逮捕者罪名種苗法違反会社名ブルージー・プロ
株式会社役員Ｐ１７」などと記載し，原告代表者が逮捕されたことを報じる読20
売新聞の記事を添付した書面を建築士らに配布したが，同書面では，常緑キリンソ
ウ普及協会の構成員として，Ｐ１４とＰ１５が記されていた（甲８７）。
エＰ１６は，平成２７年７月７日，原告の取引関係者に対し，「鳥取地方
裁判所にて，常緑キリンソウを無断名で増殖した農業経営者Ｐ２の判決がありまし
た。…よって主犯格のＰ１７社長もこれで有罪が確定しました。もし御社でブルー25
ジー・プロの取引（施工）がされているところがあればお知らせ願います。このま
ま，対処しないで放置しておきますと，施主様にご迷惑をおかけすることになりま
す。」などと記載した電子メールを送付した（甲８８）。
オＰ１４の平成２７年１１月２日時点のウェブページには，「常緑キリン
ソウに関する重要なお知らせ常緑キリンソウ違法増殖販売者に種苗法違反との有
罪判決」と題し，「常緑キリンソウ「トットリフジタ１号」を違法増殖販売してい5
た容疑（種苗法違反）で，２０１５年１月２５日に逮捕された緑化事業会社が，同
年２月１５日に起訴されました。同年５月２５日，植物を生産していた農場経営者
は罪を認め，検察が求刑し，同年７月６日，種苗法違反の罪で１年２か月執行猶予
３年の有罪判決が下されました。」と記載する記事が掲載されている。同記事の中
では，「常緑キリンソウを購入する際には，必ず下記の点を確認しましょう。１常10
緑キリンソウの正規品・正規品取扱店なのか確認しましょう。２常緑キリンソウ
（トットリフジタ１号）と違う場合には，必ず使用されている品種を確認しましょ
う。…４トットリフジタ１号との明確な特性の違いがあるかを確認しましょう。」，
「落葉のキリンソウは何ら問題はありませんが，常緑キリンソウと認められている
物はトットリフジタ１号及び２号のみです」，「常緑キリンソウとしてトットリフ15
ジタ１号及び２号と名前が違う形で販売されている物には，特に注意が必要です。」
などと記載されている（甲８９）。
(3)前提事実のとおり，平成２６年４月発行の原告の屋上緑化総合カタログで
は，原告が販売している「みずいらず」及び「みずいらずスーパー」にはタケシマ
キリンソウを使用している旨が記載されているところ，後記争点２に関する判断の20
とおり，原告は，平成２４年２月頃以降，商品に用いるきりんそうをトットリフジ
タ１号からタケシマキリンソウに切り換えるべく，Ｐ２にアルペンガーデンやまく
さ（以下「やまくさ」という。）等から購入したタケシマキリンソウを栽培させる
ようになり，同年１０月の営業会議ではタケシマキリンソウを本格採用する方針と
し（甲１４０），平成２５年５月にはトットリフジタ１号の在庫を処分し（乙２５，25
乙４６），同年４月１９日以降はＰ１１がドイツのイエリト社から購入して生産し
たタケシマキリンソウの出荷を受けるようになったこと（乙４１及び４２）からす
ると，少なくとも平成２６年５月以降の「みずいらず」及び「みずいらずスーパー」
には，本件種苗１及び２のタケシマキリンソウを使用していると認めるのが相当で
あり，同時期以降のそれら商品は，それぞれ原告製品１及び原告製品２であると認
めるのが相当である。5
そして，前提事実のとおり，原告は，原告製品１及び原告製品２を「常緑キリン
ソウ」を使用するものと宣伝しているところ，「常緑キリンソウ」とは冬期も枯れ
ない常緑性のキリンソウという程度の意味と解され，タケシマキリンソウが文献に
おいて，着葉状態で越冬する「常緑系キリンソウ」として紹介されていること（甲
５５）からすると，原告がタケシマキリンソウを「常緑キリンソウ」と呼んで販売10
することは不合理なことではない
これに対し，上記認定のとおり，常緑キリンソウ普及協会が配布した書面（(2)
ウ）では，「最近『常緑キリンソウ』（トットリフジタ１号：品種登録番号１５８
６６号）を違法に増殖したもの（種苗法違反）が出回っていることが確認されてい
ます。」として，トットリフジタ１号を明記する文脈もあるものの，「『常緑キリ15
ンソウ』をご使用の際は，正規の販売代理店でお買い求めいただきますようお願い
申し上げます。」とも記載していることからすると，「常緑キリンソウ」という名
前の種苗の正規品はトットリフジタ１号しかないとの認識を配布を受けた者に生じ
させるおそれがある。
また，同じく常緑キリンソウ普及協会の構成員であるＰ１４が原告の取引関係者20
に送付したメール（(2)エ）にも，「常緑キリンソウ」を無断で増殖したことにより
原告代表者らが有罪となった旨や，原告の取引をしているところがあれば知らせる
よう願う旨が記載されており，これらを見た者は，原告による「常緑キリンソウ」
の販売行為全般が種苗法違反となるものと理解するおそれがあるというべきである。
さらに，Ｐ１４は，ウェブページ（(2)オ）において，「常緑キリンソウと認められ25
ている物は，『トットリフジタ１号及び２号』のみです。」とまで記載しており，
これは，原告による「常緑キリンソウ」の販売行為全般が種苗法違反となるものと
理解させるに足りる記載であるといえる。
これらからすると，本件においては，原告の取引関係者等が，「常緑キリンソウ」
であるタケシマキリンソウを使用した原告製品１及び原告製品２が，被告の本件育
成者権を侵害する侵害品であると考え，その購入を躊躇しかねない状況が生じてい5
るといえ，原告の権利又は法律的地位に不安が存するというべきである。
そして，常緑キリンソウ普及協会には，被告の夫のＰ５が代表取締役を務めるＰ
１５が構成員となっているほか，Ｐ１４も常緑キリンソウ普及協会の構成員で，ト
ットリフジタ１号の正規販売店であることからすると，常緑キリンソウ普及協会及
びＰ１４のウェブサイトや書面の記載には，被告及びＰ４の意向が相当程度反映し10
ていると推認され，現に被告は，原告に対し，原告が生産販売しているものがトッ
トリフジタ１号及びトットリフジタ２号であるとの認識の下に通知書を送付してい
るから，原告の権利又は法律的地位に生じた不安を除去する方法としては，トット
リフジタ１号及びトットリフジタ２号の育成者権者である被告との間で，タケシマ
キリンソウの生産等，並びにタケシマキリンソウを用いた原告製品１及び原告製品15
２の販売につき，被告が本件育成者権に基づく差止請求権を有しないことにつき，
判決をすることが有効適切であるというべきである。
したがって，請求第１項及び第２項に係る訴えについては確認の利益が認められ，
被告がそれらの請求に係る差止請求権を有しないことは当事者間に争いがないから，
原告の同請求は理由がある。20
２争点２（本件被疑種苗がトットリフジタ１号又はそれと特性により明確に区
別されない品種か）について
(1)本件被疑種苗の株分けの経緯について
ア前提事実に加え，証拠によれば，次の事実が認められる。
(ｱ)原告は，平成２０年６月２３日と平成２１年４月１６日にＰ４及びＰ25
７と覚書（甲３８及び３９）を作成して，トットリフジタ１号を正規購入し，Ｐ２
らに商品化のための栽培をさせていた。同覚書では，施工現場にて生育したきりん
そうをカットした補植のみ認めるが，増殖は行わない旨が定められていた。
原告は，「みずいらず」等の商品を５０cm×５０cmのトレイで出荷しており，春
は２月後半から７月にトレイを作り，秋は９月から１１月にトレイを作り，商品と
するにはトレイの被覆率が６０％以上を目標とし（乙１３ｐ１），Ｐ２は５０％を5
目安としていた（乙２３ｐ２。なお，乙１７添付資料の請求書の被覆率欄を見ると，
平成２３年頃以降は被覆率が５０％以上とされている。）。
Ｐ２は，毎月末日締めで，当該月の生産量・出荷量や当該月末時点での在庫量等
を記載した育苗状況報告書と請求書を作成して，原告に送付していた（甲１１７な
ど。それらをまとめたものが乙４６，乙８４別表である。）。10
原告代表者は，１か月に１回程度，Ｐ２の農場を訪れていた（乙１０８の２ｐ５
３）。
(ｲ)原告は，平成２３年５月１５日，Ｐ２に対し，ファックスを送信した
（乙１４添付資料２）。そこでは，「常緑キリンソウの切り株→根付化を１１２０
０株お願いします。」，「なお，産地で根付化した植え付けは後日購入します。覚15
書に違反し増殖するものではありません。誤解のないようにお願いします。」と記
載されていた。
そこで，Ｐ２は，この頃から，Ｐ４から送付を受けずに，栽培するトットリフジ
タ１号からカット苗を切り出して，トレイを作るようになった（乙７８ｐ５，甲１
０８の１ｐ１２７）。20
(ｳ)平成２３年１１月２日，Ｐ４からＰ２に対し，カット苗１万本が送付
されたが，これが正規品の最後の納品となった（甲１２０）。
(ｴ)原告代表者は，平成２２年から平成２３年頃に，造園業を営むＰ１０
から，常緑性のキリンソウとしてタケシマキリンソウを紹介されていたことから（乙
１６及び４３），平成２３年１１月にグリーンマーケットからタケシマキリンソウ25
を６株と５株の合計１１株購入し，うち後者の５株については原告の仕入先である
Ｐ９のＰ１１に直送した。また，原告代表者は，同年１２月にやまくさからタケシ
マキリンソウ４株を購入し，それらをＰ２に直送し，増殖するよう指示した。（以
上，乙１６及びその添付資料）
なお，原告代表者は，本件刑事事件の公判段階において，これ以外にＰ１０とグ
リーンマーケットから入手して増殖した５０株を平成２４年１月頃にＰ２に渡した5
と述べ（甲１０８の２ｐ２３ないし２６），Ｐ２も，本件刑事事件の捜査段階の供
述において，原告代表者が３０ないし４０ポットのタケシマキリンソウを持ってき
たと述べている（乙２３ｐ４）ことからすると，原告代表者が自分で増殖したタケ
シマキリンソウ数十株程度をＰ２に渡したことは認められる。しかし，Ｐ１０は，
平成２３年１１月頃までの間に原告にサンプルを渡したことはないと述べており10
（乙４３），原告代表者も，本件刑事事件の捜査段階では，Ｐ１０からタケシマキ
リンソウの紹介を受けたときにサンプルはもらっていないと述べ（乙１６ｐ２），
それ以外でもＰ１０からタケシマキリンソウをもらったとは供述していない。確か
に，Ｐ１０の平成２５年２月５日のメール（乙４３資料４）には，「Ｐ１７社長か
らキリンソウ類のサンプルを求められ，お送りしました。」との記載があるが，Ｐ15
１０は，そこで送付したのはタケシマキリンソウではなくエゾノキリンソウ種のオ
オミエゾ３号のサンプルであると述べており（乙４３ｐ１２），上記のメール中で
も，「タケシマキリンソウ」と「キリンソウ類」を書き分けているから，Ｐ１０の
上記供述は信用できる。また，Ｐ１０は，平成２４年１月１６日に原告代表者に送
ったメールの中で，「手直しに使いたいとのことでお譲りしたタケシマキリンソウ20
やその他のキリンソウの苗が少量ですが同業者に渡ってしまっていたようです。」
とも記載しているが，文脈からして，これが原告代表者にタケシマキリンソウを譲
ったとの趣旨とは認められない。以上からすると，原告代表者の上記公判段階の供
述のうち，Ｐ１０が原告代表者にタケシマキリンソウのサンプルを渡したとの部分
は採用できないから，原告代表者が増殖してＰ２に渡した上記のタケシマキリンソ25
ウ数十株はグリーンマーケットから入手したものと認めるのが相当である。
(ｵ)Ｐ２は，原告代表者の指示を受け，平成２４年２月頃からタケシマキ
リンソウの増殖を開始した（甲１１５，乙１７ｐ１，乙２７ｐ４，乙７８ｐ３２）。
また，同月１０日の原告の営業会議において，「現在，タケシマキリンソウの使用
を検討しています。てまいらず，みずいらずにどのように使用していくかは，検討
中です。」との報告がされた（甲１４０）。なお，Ｐ２は，本件刑事事件の公判段5
階においては，平成２３年１１月頃からタケシマキリンソウの生産を開始したとも
供述している（乙７８ｐ７）が，そのもとになったのはやまくさから送られてきた
苗だとも供述していることや，捜査段階では一貫して生産の開始は平成２４年２月
からであると述べていること，上記の社内会議での報告時期からすると，Ｐ２の上
記供述は採用できない。10
タケシマキリンソウのカット苗は，冬場でもハウスの中であれば１か月程度で根
付くものであり（乙７８ｐ８２），根付けばそこから１本のカット苗が採れる（同
ｐ８４）。また，タケシマキリンソウは，冬場の１２月から３月までは成長しない
が，春（４月から６月頃）になると成長が早まる（同ｐ８４，８７）。タケシマキ
リンソウのカット苗を挿し木してから，被覆率が５０％になるまでには５か月から15
６か月を要する（乙２３ｐ３，乙７８ｐ９）。十分に成長したタケシマキリンソウ
については，１株から１０ないし１５株程度のカット苗を採ることができる（乙７
８ｐ８８）。
(ｶ)平成２４年春頃，Ｐ２は，Ｐ３を含む下請け農家に対し，タケシマキ
リンソウのポット苗を１０株ほど渡した（乙２３ｐ５）。この際，Ｐ２はＰ３に対20
し，少しでも多くタケシマキリンソウから商品を作るように指示した（乙２３ｐ５）。
また，平成２４年６月頃には，Ｐ２の農場にタケシマキリンソウが２００ないし
３００トレイ分（８００ないし１２００株程度。乙２３ｐ２）又は，４００ないし
５００トレイ分（１６００ないし２０００株程度。甲１１５ｐ３，乙７８ｐ８８）
あった。なお，この時点でこれだけのタケシマキリンソウが存在したことの直接の25
裏付けはないが，上記の趣旨はＰ２が本件刑事事件の捜査段階において既に述べて
いることや，同月の時点でタケシマキリンソウのトレイの作成を既に行っていたこ
とは次のアルバイトの記録から認めることができるから，上記のとおり認めるのが
相当である。
(ｷ)Ｐ２は，平成２４年６月２４日に息子のアルバイトにより，タケシマ
キリンソウ１６トレイを作った（甲１１５添付資料２，１１６）。5
また，Ｐ２の妻が作成していた「２４年株分出荷」と題するファイル（甲１１６）
の「アルバイト」の項には，Ｐ２の息子らが，①平成２４年５月に「キリンカット
苗」を合計１万５３００本作成したこと，②同年６月２４日に「キリンカット苗」
を合計２万６８５０本作成するとともに，上記のとおり「タケシマ」を１６トレイ
作成したこと，③同年９月３日と５日に「キリンカット」を２万本，同月１７日に10
「キリンカット」を２万９７本作成したことが記載されており，それらの「キリン
カット（苗）」分については，各該当月の育苗状況報告書（乙２２添付資料）の出
荷数欄において「キリンカット苗」として記載されている。
このようにタケシマキリンソウのトレイは，順次作られていったが，Ｐ２が原告
に毎月提出する育苗状況報告書には記載されなかった（乙２３ｐ３ないし４）。15
(ｸ)他方，平成２４年２月以降も，それ以前に正規に購入したトットリフ
ジタ１号を栽培した残りの５３２トレイ（これはＰ２の農園にあり，製品としては
売れ残り，カット苗を作るための元苗として使用していた。乙２５ｐ５）や，違法
に増殖したトットリフジタ１号があった（甲２２添付資料，乙４６）。
(ｹ)平成２４年８月９日，原告の従業員が原告代表者に対し，「原価計算20
表が２通りあります。どちらが正しいですか？みずいらずの値段が違います。」
とのメールを送ったのに対し，原告代表者は，同日，「９月以降常緑キリンソウ
Ｐ４仕入れ→タケシマキリンソウ（アワジ，Ｐ９で生産）のため変えています。」
との返信メールを送信した（甲１１２添付資料）。
(ｺ)Ｐ２は，原告代表者から，「みずいらず」を５０００トレイ準備する25
ように指示を受け，平成２４年８月２８日，自らの農場にあった苗からカット苗２
万株を採り（以下「本件株分け」という。），下請農家のＰ３に対してはそのうち
２０００トレイ分（８０００株）の苗及びトレイを交付した。このことは，同年９
月の育苗状況報告書に「カットキリン苗９月みずいらず植えに使用５０００トレ
イ分」として記載され，同月の請求書には「(品種)キリンカット苗」，「（数量）
２００００」，「（単価）１０」，「(備考)みずいらず植えに使用５０００トレイ」5
と記載された。（以上，乙２８及びその添付資料）
この請求書に対し，原告代表者は，平成２４年９月１９日，Ｐ２にファックスを
送信した（甲１１５添付資料）。そこでは，上記の２万株分を含めた元苗代につい
て，出荷時の精算で支払うようにすることを求め，具体的には，「みずいらず」に
ついては，元苗代が「常緑キリンソウ」単価１０円・４株で４０円を前提にメキシ10
コマンネングサと併せて１トレイ５５円とし，それを育苗代１トレイ２５０円に加
算して１トレイ３０５円を出荷時に請求するよう求めた。
これを受けて，Ｐ２は，従来の例えば平成２４年６月の請求書（甲１７添付資料）
では，新たに作成した「キリンカット苗」として単価１０円を請求し，「みずいら
ず」については１トレイ２５０円を請求していたのを，同年１０月以降の請求書で15
は，「みずいらず」について１トレイ３０５円を請求するようになった（甲１７添
付資料）。
(ｻ)原告代表者は，平成２４年１０月１２日の営業会議において，「『タ
ケシマキリンソウ』を本格採用しますが，社外には絶対に口外しないようにお願い
します。」と報告した（甲１４０）。20
(ｼ)Ｐ２が作成した平成２４年１０月の育苗状況報告書及び請求書では，
上記(ｺ)で作成した「みずいらず」５０００トレイのうち４６８トレイは，同月１９
日から２０日に，平成２３年秋作成の「みずいらず」１５２７トレイと共に，被覆
率５０％以上として，姫路庁舎向けに出荷され，その残が４５３２トレイとなり，
このほかに，平成２３年秋株分けの「みずいらずスーパー」の残が９９１トレイあ25
った。
他方，翌１１月の育苗状況報告書では，上記(ｺ)で作成した「みずいらず」の残ト
レイが５５２３トレイ（９９１トレイ増）となった反面，上記平成２３年秋作成の
「みずいらずスーパー」の残トレイが０トレイとなり，そうでありながら同月の「み
ずいらずスーパー」の出荷は報告されていない。（以上，乙１７添付資料）。
ここでの「みずいらずスーパー」は，トレイ作成の時期から見てトットリフジタ5
１号であると認められるところ，上記の推移からすると，この「みずいらずスーパ
ー」９９１トレイは，上記の「みずいらず」に流用されたと認められる。
(ｽ)Ｐ３は，上記(ｺ)でＰ２から渡された２０００トレイ（８０００株）
を栽培し，平成２５年２月６日，本件料金所用に４５３トレイ（原告製品３）を出
荷した（乙２３及びその添付資料）。10
(ｾ)Ｐ２は，平成２５年４月２３日，Ｐ６と共にＰ２の農場を訪れたＰ１
４の代表者らに対して，Ｐ２の農場に，違法に増殖させたトットリフジタ１号の苗
があることをほのめかし，それをタケシマキリンソウとして販売していることを認
める供述をし，Ｐ６はその様子をビデオに撮影した（乙２の１）。このため，Ｐ６
は，同月２６日，原告代表者に対し，撮影したビデオを送付して，種苗法違反を指15
摘した（乙３４添付資料）。
そこで，原告代表者は，同月頃，Ｐ２に対し，平成２４年２月から６月にかけて
農場にＰ９からある程度の数のタケシマキリンソウの送付があったことにしようと
いう提案をし，Ｐ２に対して「２４年２月３０００株，３月３０００株，４月３０
００株，５月５０００株，６月５３８０株」との虚偽の事実を記載したポストイッ20
トを交付した（乙１６ｐ１０，乙２９ｐ２，甲１０８の２ｐ１５）。
その後，Ｐ２は，平成２５年５月，原告代表者から，トットリフジタ１号を捨て
るよう指示され，前記(ｸ)のトットリフジタ１号５３２トレイ分を処分した（乙２５，
乙２７ｐ５）。
イ以上に基づき，本件料金所用に出荷された４５３トレイ（原告製品３）25
に使用された苗（別紙「種苗目録３」記載の本件被疑種苗１８１２株分）がトット
リフジタ１号であると認められるか否かを検討する。
(ｱ)前記認定事実からすると，原告製品３に使用されたカット苗が株分け
された平成２４年８月２８日の本件株分けの時点において，Ｐ２の農場には，トッ
トリフジタ１号とタケシマキリンソウ（グリーンマーケット又はやまくさから原告
代表者が購入したもの）の双方が栽培されており，これ以外に栽培されていた植物5
が存したことは何らうかがわれないから，本件株分けに係る２万株は，トットリフ
ジタ１号とタケシマキリンソウのいずれか又は双方ということになる。
(ｲ)そこでまず，タケシマキリンソウのみであったと認められるかを検討
すると，原告代表者は，本件刑事事件の公判段階での供述において，商品に使用す
る植物としてタケシマキリンソウへの切替えが完了したのは平成２４年９月頃であ10
ると述べる（甲１０８の１ｐ２７）。そして，前記認定のとおり，平成２４年６月
頃の時点でタケシマキリンソウが２００トレイから５００トレイ（８００株から２
０００株）存在しており，十分に成長した１株からは１０株以上を株分けできるこ
とからすると，単純計算ではそれらのタケシマキリンソウから２万株を株分けする
ことは可能であることになり，原告代表者が本件刑事事件の公判段階での供述で述15
べる増殖の検証（甲１０８の１ｐ６７ないし７３）によっても同様となる。また，
前記ア(ｹ)での原価計算に関するメールからすると，原告代表者は同年８月の時点で
同年９月から商品に使用する苗をタケシマキリンソウに変更することを予定してい
たことがうかがわれる上，原告代表者は，本件刑事事件の公判段階において，前記
ア(ｻ)の原告の営業会議での報告内容は，タケシマキリンソウに変更したことで社内20
原価を下げていることを客先に知られないように指示する趣旨であると述べており
（甲１０８の１ｐ２８ないし２９），これらは平成２４年９月頃にタケシマキリン
ソウへの切替えが完了した旨の原告代表者の上記供述に沿う。
しかし，実際にＰ２がタケシマキリンソウを栽培増殖していた状況が，上記のよ
うな増殖可能性の計算や原告代表者による検証のとおりであったことは明らかでな25
く，また，上記の原価計算に関するメールも原告代表者の事前の予定を物語るにと
どまる。
また，原告代表者が述べる社内原価の変更については，前記ア(ｺ)の事実からする
と，平成２４年９月分から，元苗代を出荷時に精算する扱いに変えたことは認めら
れるものの，元苗代とトレイ代の各単価自体に変更はないから，原価たる仕入価格
に変更があったと見ることはできない。前記ア(ｻ)の平成２４年１０月１２日の営業5
会議において，タケシマキリンソウを「本格採用」するというのも，タケシマキリ
ンソウを使用したトレイの生産を本格的に開始するという意味に理解することもで
きる。
以上からすると，上記の諸点をもって，原告代表者が述べるような平成２４年９
月頃にタケシマキリンソウへの切替えが終了したと認めることはできない。かえっ10
て，前記ア(ｷ)③のとおり，Ｐ２は，平成２４年８月２８日の本件株分けの後も，同
年９月に息子らのアルバイトにより「キリンカット」を合計４万本以上作成してい
るが，前記認定の栽培状況からすると，これらを全てまかなうだけのタケシマキリ
ンソウは存在していなかったと考えられる上，前記ア(ｼ)のとおり，同年１１月の時
点でもトットリフジタ１号を増殖させた「みずいらずスーパー」を「みずいらず」15
に流用していることからすると，平成２４年９月の時点では，未だタケシマキリン
ソウへの切替えは完了していなかったと認められ，このことは，Ｐ２が，本件刑事
事件の捜査段階においては，本件株分けをタケシマキリンソウのみで行うのは無理
であったと一貫して述べていることと整合している。また，それにとどまらず，前
記ア(ｷ)のアルバイトの項の記載からすると，Ｐ２及びその妻は，帳簿を作成するに20
当たり，「キリンカット」ないし「キリンカット苗」と「タケシマ」とを区別して
記載していたと認められるところ，平成２４年９月の育苗状況報告書にも請求書に
も，２万株の本件株分けについて，従前と変わらず「カットキリン苗」や「キリン
カット苗」と記載されていることからすると，その全てをトットリフジタ１号から
作成した疑いが濃厚にあるというべきである。25
以上からすると，平成２４年８月２８日の本件株分けの時点で，タケシマキリン
ソウへの切替えが完了していたとは考え難く，それより後の１０月以降にタケシマ
キリンソウを使用した商品の生産が本格的に開始されたともうかがわれる営業会議
の記録（前記ア(ｻ)）もあることからすると，本件株分けには全てトットリフジタ１
号が使用された疑いが濃厚にあるが，他方，本件株分けの時点で，Ｐ２の農場には
既に相当数のタケシマキリンソウが栽培されていたとは認められるから，本件株分5
けの全てがトットリフジタ１号を使用してなされたとまで認定することができるか
については，なお検討を要するというべきである。そこで，この点について，さら
にＤＮＡ鑑定の結果を踏まえて検討する。
(2)ＤＮＡ鑑定について
ア前提事実記載のＰ８教授によるＤＮＡ鑑定の手法は，次のとおりと認め10
られる（甲１０２，１０３，１０６及び１０７）。
(ｱ)品種が違うとＤＮＡはどこかが異なることから，ＤＮＡ鑑定では，Ｄ
ＮＡのうち品種間で異なりやすい部分を抽出・比較して，品種の異同を判定するが，
そのような異なりやすい領域部分としては，一般にＳＳＲ（SimplesequenceRepeat，
マイクロサテライト）と呼ばれる部分が知られている。これは，ＤＮＡの塩基配列15
の中で，偶然にＡＣＡＣＡＣＡＣというように単純な配列が何回も繰り返す部分が
あり，このような部分は，繰返し回数が変化しやすい部分で，ＤＮＡ中に複数箇所
ある。そして，この繰返し回数の多寡は，当該部分の長短となって表れることから，
各検体について，この領域部分を分離増幅して，その長さを測ることによって，繰
返し回数の同一性を判定し，それにより品種の異同を判定することができる。そし20
て，ＤＮＡ中で特定の塩基配列に挟まれた部分を分離して増幅する手法としてＰＣ
Ｒが知られており，ＰＣＲにおいて，この特定部分を挟み込んで分離増幅するため
の塩基配列をプライマーといい，検体における特定のＳＳＲ領域のＤＮＡ断片のみ
を大量に合成するためのプライマーを，ＳＳＲマーカーという。
(ｲ)ＤＮＡ鑑定を行うには，まず，このようなＳＳＲ領域をＤＮＡの中か25
ら探し出し，それをＰＣＲにより大量合成するためのＳＳＲマーカーを設計するこ
とが必要となるが，Ｐ８教授は，当初は，ＳＳＲマーカーではなく，ＲＡＰＤ－Ｓ
ＴＳマーカー（市販されているが精度の低いＲＡＰＤマーカーから，識別度の高い
部分を抽出してＳＴＳ化したマーカー。単にＳＴＳマーカーともいう。）を開発し，
その後，他の研究者の方法を参考にして，独自の方法でＳＳＲマーカーを開発した。
その方法は，①抽出したＤＮＡを制限酵素によって断片化し，その両端に既知の5
塩基配列（アダプター）を付加する，②このアダプターと相補的な２０塩基の配列
（ＡＰ２），及び，ＡＣやＡＧ等の２塩基が１０回繰り返す塩基配列（ＡＣ１０，
ＡＧ１０）をプライマーとしてＰＣＲを行うと，ＤＮＡ断片中にＡＰ２とＡＣ１０，
ＡＧ１０で挟まれた領域がある場合にその領域のみが分離増幅される，③この増幅
した領域の塩基配列を解読して，ＳＳＲ部分を含む更に短い領域がＰＣＲによって10
分離増幅されるようにプライマー（ＩＰ１，ＩＰ２）を設計する，④再び，抽出し
たＤＮＡを制限酵素によって断片化し，両端にアダプターを付加したものに，今度
はアダプターと相補的な２０塩基の配列（ＡＰ１，ＡＰ２），及び，プライマー（Ｉ
Ｐ１，ＩＰ２）をプライマーとしてＰＣＲを行い，分離増幅した領域の塩基配列を
解読し，プライマーＩＰ１，ＩＰ２と共にＳＳＲ部分を挟み込むようなプライマー15
（ＩＰ３）を設計する，⑤それらＩＰ１ないしＩＰ３からなるプライマーセットを
ＳＳＲマーカーとする，というものである。
(ｳ)このようなマーカーを用いてＤＮＡ鑑定を行うには，各検体からＤＮ
Ａを抽出し，これにマーカーを用いてＰＣＲを行いてＤＮＡ断片を分離増幅し，マ
ーカーに対応するＳＳＲ領域のＤＮＡ断片を大量に合成する。そして，それらをア20
ガロースゲルで作られたシートに入れ，緩衝液の中で下側がプラス極になるように
電気をかけると，ＤＮＡ断片は，マイナスに帯電していることから，ゲルの中をプ
ラス極側に移動（電気泳動）するが，ゲルの中はＤＮＡの移動にとって障害になる
構造を有していることから，ＤＮＡ断片が短い方がより長い距離を移動することに
なり，移動後の位置が帯（バンド）として表れる。そこで，ＤＮＡだけを特異的に25
染める蛍光物質を用いてＤＮＡ断片を染め，移動したＤＮＡ断片のバンドの位置（マ
ーカーの移動距離）の違いを目視で観察することにより，各検体の当該ＳＳＲ領域
の長さ（単純な塩基配列の繰返し回数）の異同が判明することから，それにより，
各検体の品種の異同を判別する。
このようにＳＳＲ領域を用いて遺伝型の同一性を判定する手法は，様々な動植物
において親子鑑定や品種識別の手法として利用されている（独立行政法人種苗管理5
センターが平成２０年３月に作成した「ＤＮＡ品種識別技術の妥当性確認のための
ガイドライン－ＳＳＲを中心として－」[甲１２９]ｐ３。以下「妥当性確認ガイド
ライン」という。）。
(ｴ)二つの検体について，ＤＮＡ中に複数存在するＳＳＲ領域のうちの一
つでも異なれば，両者の品種は異なると判定される。したがって，複数のマーカー10
を用いて電気泳動を行った場合，マーカーのうちの一つでもバンドパターンが異な
れば，それだけで両者の品種は異なると判定される。他方，あるマーカーによるバ
ンドパターンが一致しても，そのＳＳＲ領域が一致していることがわかるだけで，
他のＳＳＲ領域では一致していない可能性があることから，直ちに両者の品種が同
じであるとは断定できない。しかし，マーカーの数を増やしていくと，その全てに15
おいてバンドパターンが一致していながら別品種であるという確率が低下していく
ことになる。
Ｐ８教授は，本件鑑定１では１０個のマーカー（うち３個がＲＡＰＤ－ＳＴＳマ
ーカー，７個がＳＳＲマーカー）を用いて鑑定し，本件鑑定２では２０個のマーカ
ーを用いて鑑定した。Ｐ８教授は，２０個のマーカー（うち３個がＲＡＰＤ－ＳＴ20
Ｓマーカー，１７個がＳＳＲマーカー）を用いてそれら全てでバンドパターンが一
致する場合には，別品種でありながら偶然に２０個も一致することは統計学的に見
てあり得ないと考えている。（以上，甲１０２の１ｐ７ないし２２，甲１０３ｐ２
７ないし３３）
なお，妥当性確認ガイドラインでは，①品種識別の精度を確保するために２個以25
上のマーカーを用いる場合には，それらが遺伝的に独立に分離することを確認する
必要がある，②この場合の独立とは，複数の遺伝子座のそれぞれの対立遺伝子の組
合せがランダムに起こり，確率の法則に従うことであるが，用いるマーカーが連鎖
していると，複数のマーカーの分析結果から得られるマーカー遺伝子型に違いがな
く，品種識別の精度の向上にはつながらない，③サンプル間で分析結果が異なる場
合には，マーカーの独立性が確認されている場合も確認されていない場合も，品種5
内多型等の問題がない場合は，異なる品種であるといえる，④サンプル間で分析結
果が同じ場合には，マーカーの独立性が確認されていれば，品種識別率から同一品
種である確率を算出することができるが，マーカーの独立性が確認されていなけれ
ば，分析結果から品種を特定するには，ａ：サンプルがいくつかの候補（の品種）
に絞られていること，ｂ：その候補の全てがそのマーカーで作成されたデータベー10
スに載っていること，ｃ：そのデータベース上で少なくとも候補となる品種は全て
の品種と識別できること，の条件を満たしている必要があるとされている（甲１２
９ｐ２７ないし２８）。これに対し，Ｐ８教授の鑑定手法では，マーカーの独立性
は確認されていない（甲１０２の１ｐ８７）。
(ｵ)また，Ｐ８教授は，１０マーカーを用いていた時期には，ＤＮＡだけ15
を特異的に染める蛍光物質としてゲルグリーンを使っていたが，それでは解像度が
悪く，バンドの像が見えにくい傾向にあったことから，２０マーカーを用いるとき
には，エチジウムブロマイドを使用した（甲１０２の２ｐ８０）。
(ｶ)本件鑑定１では，１０マーカー全てについて，トットリフジタ１号と
本件被疑種苗とで同一サイズのバンドを確認したとして，そのＤＮＡ情報は同一で20
あると判定された。
また，本件鑑定２でも，２０マーカーについて，同様であると判定された。
(ｷ)ＤＮＡ鑑定学会の妥当性委員会は，Ｐ８教授が作成した２０マーカー
による「ＳＳＲマーカー及びＳＴＳマーカーによる常緑キリンソウ品種のＤＮＡ品
種識別マニュアル」について，妥当性確認ガイドラインに基づいて，マーカーと識25
別手法の妥当性の検証を行った（乙６７）。
そこでは，品種識別の検査を実施する検証機関として３機関を選定した上で，基
準３品種（トットリフジタ１号，トットリフジタ２号，ＴＦ３）のＤＮＡを基準と
して，実際のトットリフジタ１号株５サンプル，トットリフジタ２号株５サンプル，
ＴＦ３株５サンプルのほか，それら以外の８種類のタケシマキリンソウ各１サンプ
ル，３種類のキリンソウ野生系統（富山，柏崎，佐渡）各１サンプルについて，２5
回ずつ（合計５２サンプル）のブラインド試験により，各マーカーごとのバンドパ
ターンを判定し，予め確認してあるバンドパターンとの照合により正答率を確認し
た。
上記マニュアルには２０マーカーが記載されていたが，ＤＮＡ鑑定学会によって
その妥当性が検討される過程で，同学会が，検体によりバンドが表示されないもの10
があるとして不適切と判断した２つのマーカー（ＲＡＰＤ－ＳＴＳマーカーのＡ－
１０，Ａ－１６）が削除され，最終的には１８マーカーによる検証が行われた（甲
１０２の２ｐ１２ないしｐ１３，乙６７）。この削除された２つのマーカーは，本
件鑑定１において用いられた１０マーカーに含まれている（乙５３ないし６０）。
この検証の結果，マーカータイプ一致率は，トットリフジタ１号及びトットリフ15
ジタ２号がいずれも９９％，ＴＦ３が６２％，その他が９０％となった。これを踏
まえて，ＤＮＡ鑑定学会は，「提供されたマニュアルは，今回の検証に用いられた
サンプルを対象とする限り，検査対象がトットリフジタ１号またはトットリフジタ
２号であるか否かは正確に識別可能なマニュアルであると言える・・・しかしなが
ら，本文中でも指摘したように，本マニュアルは，個々のマーカーの異同判定につ20
いては，マーカー鎖長の異同判定のように数値に基づく客観的な判定ではなく，電
気泳動像のバンドの相対的な位置判断という主観的な手法である。検証を行った機
関からは，マニュアル記載の電気泳動写真では区別が判らないマーカーが多々ある
のでせめてフラグメントサイズの記載は必要である，との苦情が寄せられた。個々
のマーカーの判定精度が不明なものを寄せ集めて正しい判定ができる，というシス25
テム自体の是非が問われるべきであろう。」等と評価した。
(ｸ)Ｐ８教授の鑑定手法について，上記妥当性委員会の委員長を務めたＰ
１８（以下「Ｐ１８委員長」という。）は，本件刑事事件の証言において，①アガ
ロースゲルの電気泳動を用いた方法では，ＤＮＡ断片の塩基配列について，５０塩
基差以下を分離識別することができないから不正確であり，これに対してアクリル
アミドゲルの電気泳動を用いた方法であれば，１塩基差の分離まで可能である，②5
アガロースゲルの電気泳動を用いた方法は，バンド位置を目視で判別する主観的な
方法であるから不正確であり，キャピラリー式電気泳動装置による解析のように当
該領域のフラグメントサイズを客観的に測定することが必要である，③ＤＮＡ鑑定
学会の評価は，使用されたマーカーについて，今回の検証で用いられた１４サンプ
ルの範囲の限りでの識別可能性をいうものにすぎないと述べた（甲１０３ｐ３４な10
いし４９）。
(ｹ)Ｐ８教授は，２０マーカーを用いて別に行ったＤＮＡ鑑定（甲１４４）
では，例えばマーカー２５１を用いた場合について，資料２と資料３のＤＮＡ型は
異なると判定したが，ＤＮＡ鑑定学会の妥当性検証の際に提出したバンドパターン
判別表（乙６７）では，同じ検体であるタケシマ７とタケシマ８のバンドパターン15
が同じであるとしている（甲１０２の２ｐ８２ないし８６）。
(ｺ)上記のＤＮＡ鑑定学会による妥当性検証（乙６７）においては，トッ
トリフジタ１号についての品種内多型の調査も行った。そこでは，鳥取大学から提
供されたトットリフジタ１号のポット苗９０株を，３つの検査機関で３０株ずつ，
マーカータイプの判定を行ったところ，２社では一致率１００％，１社では一致率20
９９．８％（１株の判定のみ不一致）という結果となった。ただし，ＤＮＡ鑑定学
会は，試験に供された９０サンプルの全てが異なる個体であり，同一株由来のサン
プルではないこと，実験回数が１サンプル当たり１回であることから，不一致とさ
れた１株については，それが実験誤差に由来するものなのか，実際にその個体がそ
のマーカーに多型を持つ個体であったのかを判定することができないとされた（乙25
６７ｐ１９）。
イ本件鑑定１及び本件鑑定２に供された鑑定試料の入手方法は，次のとお
りと認められる。
(ｱ)トットリフジタ１号は，本件鑑定１では平成２５年９月２０日にＰ５
が鳥取警察署に任意提出したものであり（乙５３，５５，５７及び５９），本件鑑
定２でも同様にＰ５又はＰ６が任意提出したものである（弁論の全趣旨）。5
(ｲ)本件料金所の本件被疑種苗は，①本件鑑定１のうち乙５８及び６０の
ものは，平成２５年８月１日に本件出口料金所と本件入口料金所において，それぞ
れ分散した場所から採取したものを，後に株分けしたものであり（乙５７及び５９，
乙７５ｐ４ないし７），②本件鑑定１のうち乙５４及び５６のものは，平成２６年
１月２９日に本件出口料金所と本件入口料金所において，①とは異なるトレイから10
採取したものを，同様に任意提出したものである（乙５３，５５，５７及び５９，
乙７５ｐ２５ないし２７）。また，③本件鑑定２のものは，平成２７年２月２７日
に本件出口料金所と本件入口料金所において，南東エリアの１か所，南西エリアと
北東エリアの各２か所の前の２回とは異なるトレイから，５株ずつを採取したもの
である（乙７５ｐ２９）。15
ウＰ４でのトットリフジタ１号の栽培状況については，次のとおり認めら
れる。
(ｱ)Ｐ４は，被告が平成１６年に品種登録出願をして以来，現在に至るま
で，トットリフジタ１号を全て挿し木の方法で増殖し，販売している。挿し木とは，
元の株から１０㎝程度の芽をカットして採取し，これを土に挿すことによって増殖20
させる方法（いわゆる栄養繁殖）である。
トットリフジタ１号には７月中旬から終わりにかけて花が咲き，９月から１０月
頃に種が付くことから，種子繁殖させることも可能であるが，Ｐ４では，トットリ
フジタ１号は，種が小さく，発芽率が悪いことを考慮し，効率のよい挿し木の方法
で増殖させている（乙７３ｐ２ないし３及び１０４）。25
一般に，栄養繁殖は，クローン繁殖とも言われ，親株と同じ遺伝子を子が持つこ
とになるため，突然変異がない限り，親株と同じ遺伝子組成を持つ個体を増やすこ
とができる（甲１０４ｐ８）。
(ｲ)Ｐ４は，トットリフジタ１号を自社の圃場のビニールハウスで栽培し
て販売しているところ（乙３０)，品種の混在は会社の信用失墜につながるため，品
種ごとにハウスを分けて管理している。これまでＰ４においてトットリフジタ１号5
を増殖させてきた中で，葉に白いラインが入る斑入という突然変異が生じたことが
一度あったが，その際は，他の苗への感染を防ぐため，すぐにその株を隔離した。
（乙７４ｐ３ないし４及び９７）
エ以上に基づき本件鑑定１及び本件鑑定２の信用性を検討するに当たり，
まず，鑑定試料として供されたトットリフジタ１号と，本件育成者権１に係る種苗10
として登録されたトットリフジタ１号との同一性について検討する。
種苗法施行規則４条は，種子又は種菌を種苗とする品種について品種登録出願を
するときは，当該品種の種子又は菌株を提出しなければならないと定めることから，
こうして提出された種子又は菌株については種苗管理センターで保管されるが，栄
養繁殖性植物については，このような定めがないため，登録品種のオリジナルの植15
物体は育成者自らが保存することとなっている（甲９７）。このため，栄養繁殖性
植物であるトットリフジタ１号については，オリジナルの種苗が公式に保管されて
おらず，上記のとおり，鑑定に供したトットリフジタ１号は，Ｐ４自身がトットリ
フジタ１号であるとして鳥取警察署に提出したものである。
しかし，前記認定のとおり，Ｐ４においては，平成１６年に品種登録出願された20
トットリフジタ１号について，生産効率の観点から挿し木の方法による増殖を繰り
返しており，育成に当たっては，他の品種の混入を防ぐため，ハウスを分けて管理
しており，種苗販売会社であるフジタが品種混入を防止すべき営業上の必要性の高
さに鑑みると，品種の管理は適切にされていたものと推認され，これらの趣旨を述
べる本件刑事事件でのＰ６の証言に特段疑うべき点は見当たらない。そして，Ｐ４25
においては挿し木の方法による増殖，すなわち栄養繁殖が行われており，栄養繁殖
の場合，増殖された苗は，もとの苗と同一の遺伝子情報を持つクローンであるとさ
れていることからすると，鑑定試料としてＰ４から提供されたトットリフジタ１号
は，品種登録時のトットリフジタ１号を栄養繁殖させたものとして，トットリフジ
タ１号と同一の遺伝子情報を有すると推認されるから，同一の種苗と評価すべきも
のである。5
したがって，鑑定試料として供されたトットリフジタ１号については，本件育成
者権１に係る品種として登録されたトットリフジタ１号との同一性を認めるのが相
当である。
なお，本件被疑種苗については，いずれも本件料金所から採取されたものであり，
これらが採取されるまでに同所に本件被疑種苗以外の植物体が植え込まれたことを10
うかがわせる証拠はないから，適正な鑑定試料であると認められる。
オそこで次に，本件ＤＮＡ鑑定の信用性について検討する。
前記認定に係るＰ８教授のＤＮＡ鑑定手法は，品種によって変化しやすいＳＳＲ
領域を特異的に増幅し，電気泳動距離の異同によって品種の同一性を判定するとい
うもので，親子鑑定や品種識別にも用いられる手法である。また，そのようなＳＳ15
Ｒ領域を抽出するためのマーカーの作成過程も合理的であるから，ＤＮＡ鑑定学会
により不適切と判断されたＡ－１０及びＡ－１６を除くマーカーは，その合理性を
肯定し得る。したがって，本件でのＤＮＡ鑑定の手法は，原理的には信頼し得るも
のであるといえ，ＤＮＡ鑑定学会による妥当性確認においても，少なくともトット
リフジタ１号については，同確認検証に供されたサンプルに関するものではあるも20
のの，９９％という極めて高い同定識別率であり，また，品種内多型についても，
ほぼ１００％の一致率であった。また，マーカー数が，ＤＮＡ鑑定学会により不適
切と判断されたものを除いたＳＳＲマーカーだけでも１７マーカーと多く，それら
のマーカーの独立性が確認されていないことを考慮しても，それが全てにおいてＤ
ＮＡ型が一致する確率は相当に低いと考えられる。25
しかし，ＤＮＡ鑑定学会とそのＰ１８委員長が指摘するとおり，この鑑定手法に
は，アガロースゲルを用いるため，塩基差が５０以下の場合の電気泳動像には差が
生じず，識別精度に限界があるという問題点や，電気泳動結果のバンド位置の同一
性を判定者が目視で観察して判定するものであるため，判断の客観性が確保されな
いという問題点があり，現に後者の点については，前記ア(ｹ)の認定のとおり，同じ
マーカーを用いて同じ検体について行った判断結果が食い違うことが生じている5
（原告が種々主張する，鑑定意見書とバンドパターン判別表での判断の齟齬につい
ても同様である。）。また，マーカーの独立性が確認されていないとの点も厳密に
は残る。
これらのことからすると，Ｐ８教授の鑑定において２つの鑑定試料のＤＮＡ型が
同一であると判定された場合でも，両者の間には５０以内の塩基差がある可能性が10
あり，また，電気泳動像を同一と判定するか否かについても，判断の安定性に疑問
を挟む余地があるというべきである。したがって，本件ＤＮＡ鑑定において，トッ
トリフジタ１号と本件被疑種苗とのＤＮＡ型が同一であると判定されたとしても，
それはアガロースゲル電気泳動像において明確に区別されない程度に類似している
といえるにとどまり，ＤＮＡ型が一致していると断定することまではできないとい15
うべきである（なお，原告は他に，本件ＤＮＡ鑑定は，マーカーの再現性が確認さ
れていないことや，サンプルの入手方法や保存方法が不適切であり，また，本件Ｄ
ＮＡ鑑定に係る技術について，査読を経た論文発表がなされていないなどの点を指
摘し，本件ＤＮＡ鑑定の信用性を否定する主張をするが，これまで検討した以上に
本件ＤＮＡ鑑定の信用性を疑うべき事情があるとは認められない。）。20
したがって，本件ＤＮＡ鑑定の結果から直ちに，本件被疑種苗とトットリフジタ
１号のＤＮＡ型が同一であり，両者が同一の品種であると結論付けることはできな
い。
カもっとも，上記の検討からすると，Ｐ８教授のＤＮＡ鑑定手法によって
も，アガロースゲル電気泳動像において，２つの鑑定試料のバンド位置が明確に区25
別し得る場合には，バンド位置の区別の有無が微妙である場合と異なり，識別精度
の問題や視認による判断の主観性の問題は生じない（原告が主張する鑑定意見書と
バンドパターン判別表での判断の齟齬の問題についても同様である。）から，両者
のＤＮＡ型は異なると断定することができるといえ，マーカーの独立性が確認され
ていない場合でもそのことに変わりはない。そして，先に(1)で検討したとおり，平
成２４年８月２８日にＰ２が本件株分けを行ったときには，Ｐ２の農場には，トッ5
トリフジタ１号とタケシマキリンソウ（原告代表者がグリーンマーケット又はやま
くさから購入したもの）のみが栽培されていたのであるから，本件被疑種苗がそれ
らのタケシマキリンソウでないと判定されるときには，Ｐ２が本件株分けに用いた
のはトットリフジタ１号であるといえることとなる。そこで，次に，トットリフジ
タ１号とタケシマキリンソウとのＤＮＡ鑑定結果について検討する。10
(ｱ)証拠によれば，以下の事実が認められる。
ａＰ１１は，Ｐ９の屋号で主に公共工事の植栽に使用する地覆植物の
生産販売を行う者であり，従前，原告が屋上緑化に使うメキシコマンネングサ等を
原告に販売していたが，①平成２１年ないし平成２２年頃，Ｐ９の敷地で，トット
リフジタ１号を試験的に増殖し，また，②平成２２年ないし平成２３年頃，原告の15
下請農家からキリンソウが地面に活着しないとの相談を受けて，そのダンボール１
箱分を地面に活着させるために育てるとともに補植用に増殖させるなどしていた。
その後，③Ｐ１１は，平成２３年１１月２９日，原告代表者がグリーンマーケッ
トから購入したタケシマキリンソウの苗の送付を受けた（前記(1)ア(ｴ)）ほか，平
成２４年中に２回，原告代表者からタケシマキリンソウの苗の送付を受け，増殖を20
依頼されたことから，Ｐ９の敷地で育てた。
また，Ｐ１１は，④同年１２月にはドイツの種苗店のイエリト社からタケシマキ
リンソウの種を購入し，Ｐ９で育てた。
そして，Ｐ１１は，平成２５年４月１９日以降，原告向けにタケシマキリンソウ
の出荷を開始した。（以上，乙４１及び４２）25
ｂ鳥取警察署は，平成２６年１２月１日，Ｐ９から，きりんそう様の
ものを採取して任意提出を受け，それらに「Ｐ１１・１」から「Ｐ１１・１５」の
符号を付した。また，鳥取警察署は，平成２７年１月３１日，Ｐ９から，きりんそ
う様のものを採取して任意提出を受け，それらに「Ｐ１１・１６」から「Ｐ１１・
２２」の符号を付した。
ｃ上記の採取当時，Ｐ９の敷地内で栽培されていたトットリフジタ１5
号とタケシマキリンソウには，上記ａの①ないし④のもののほか，⑤原告代表者が
持ってきたトットリフジタ１号，⑥公証人に確認してもらいながら播いたイエリト
社から購入したタケシマキリンソウがあったところ，それらのきりんそう様のもの
は，それぞれ次のものである（甲１４７）。
(a)Ｐ１１・１ないしＰ１１・５は，Ｐ１１が商品用に育てていたも10
ので，原告代表者から送付を受けた③のタケシマキリンソウ（Ｐ１１はグリーンマ
ーケットから原告代表者が購入したものと聞いている。）と④のイエリト社から購
入したキリンソウが主だが，トットリフジタ１号も一部混ざっている可能性がある。
(b)Ｐ１１・６ないし１０は，上記①のトットリフジタ１号である。
(c)Ｐ１１・１１ないし１５は，上記③のタケシマキリンソウと上記15
⑤のトットリフジタ１号である。
(d)Ｐ１１・１６は，上記⑥のイエリト社のタケシマキリンソウであ
る。
(e)Ｐ１１・１７は，(a)と同じである。
(f)Ｐ１１・１８及びＰ１１・１９は，上記③のタケシマキリンソウ20
である。
(g)Ｐ１１・２０ないしＰ１１・２２は，(a)と同じである。
ｄＰ８教授は，鳥取警察署からの鑑定嘱託に対し，その鑑定手法によ
り，Ｐ１１・１ないしＰ１１・１５を１０マーカーを用いて，その後，Ｐ１１・１
６ないしＰ１１・２２を２０マーカーを用いて，それらとトットリフジタ１号との25
ＤＮＡ型の異同を鑑定した（甲１４４及び１５０）。その鑑定結果は，以下のとお
りである。
(a)Ｐ１１・１ないしＰ１１・１５は全てＤＮＡ型が同一であり，そ
れらとトットリフジタ１号とはＤＮＡ型が同一である。
(b)Ｐ１１・１６は，Ｐ１１・１７以下とＤＮＡ型が異なり，トット
リフジタ１号ともＤＮＡ型が異なる。5
(c)Ｐ１１・１７は，Ｐ１１・１６及びＰ１１・１８以下とＤＮＡ型
が異なり，トットリフジタ１号ともＤＮＡ型が異なる。
(d)Ｐ１１・１８ないしＰ１１・２０は，ＤＮＡ型が同一であるが，
トットリフジタ１号とはＤＮＡ型が異なる。
(e)Ｐ１１・２１及びＰ１１・２２は，ＤＮＡ型が同一であり，トッ10
トリフジタ１号ともＤＮＡ型が同一である。
ｅまた，Ｐ８教授は，鳥取警察署からの鑑定嘱託に対し，その鑑定手
法により，１０マーカーを用いて，やまくさで購入したタケシマキリンソウとトッ
トリフジタ１号とのＤＮＡ型の異同を鑑定し，両者のＤＮＡ情報は異なるとの鑑定
結果を得た（甲１３８）。15
(ｲ)以上に基づき検討する。
ａまず，２０マーカーの鑑定結果であるＰ１１・１６ないしＰ１１・
２２について見ると，Ｐ１１・１６は前記⑥のイエリト社から購入したタケシマキ
リンソウであり，トットリフジタ１号とはＤＮＡ型が異なると判定されており，実
際にも甲１４４の電気泳動写真において，Ｐ１１・１６（写真符号１）とトットリ20
フジタ１号（写真符号１Ａ）のバンド帯は，例えばＳＳＲマーカー２９３において
顕著に異なっているから，判定は信用し得る。
次に，Ｐ１１・１８及びＰ１１・１９は，前記③の原告代表者がグリーンマーケ
ットから購入したタケシマキリンソウであるが，これは，トットリフジタ１号とＤ
ＮＡ型が異なると判定されており，実際にも甲１４４の電気泳動写真において，Ｐ25
１１・１８（写真符号３）及びＰ１１・１９（写真符号４）とトットリフジタ１号
（写真符号１Ａ）のバンド帯は，例えばＳＳＲマーカー２９３及び同２６０におい
て顕著に異なっているから，判定は信用し得る。
次に，Ｐ１１・１７は，前記③のグリーンマーケットから購入したタケシマキリ
ンソウ，前記④のイエリト社から購入したタケシマキリンソウ，トットリフジタ１
Ｐ１１・5
１６とも，前記③のグリーンマーケットから購入したタケシマキリンソウであるＰ
１１・１８及びＰ１１・１９とも，トットリフジタ１号ともＤＮＡ型が異なると判
定されており，実際にも，甲１４４の電気泳動写真において，Ｐ１１・１７（写真
符号２）は，Ｐ１１・１６（写真符号１）とはＳＳＲマーカー２５１及び２６０で，
Ｐ１１・１８及びＰ１１・１９（写真符号３及び４）とはＳＳＲマーカー３３２及10
び３５３で，トットリフジタ１号（写真符号１Ａ）とはＳＳＲマーカー２９３及び
２６０で顕著に異なっている。そうすると，Ｐ１１・１７は，上記④のイエリト社
から購入したタケシマキリンソウと認めるのが相当である。
次に，Ｐ１１・２１及び２２は，前記③のグリーンマーケットから購入したタケ
シマキリンソウ，前記④のイエリト社から購入したタケシマキリンソウ，トットリ15
フジタ１号のいずれかであるが，それらは，上記で上記④のイエリト社から購入し
たキリンソウと認められたＰ１１・１７，前記③のグリーンマーケットから購入し
たタケシマキリンソウと認められたＰ１１・１８及び１９のいずれともＤＮＡ型が
異なると判定されており，実際にも，Ｐ１１・２１及びＰ１１・２２（写真符号６
及び７）は，Ｐ１１・１７（写真符号２）ともＰ１１・１８及びＰ１１・１９（写20
真符号３及び４）ともＳＳＲマーカー２９３及び２６０で顕著に異なっている。そ
うすると，Ｐ１１・２１及びＰ１１・２２は，トットリフジタ１号と認めるのが相
当であり，これらのＤＮＡ型が同一と判定されたことは，これに沿うものである。
最後に，Ｐ１１・２０は，前記③のグリーンマーケットから購入したタケシマキ
リンソウ，前記④のイエリト社から購入したタケシマキリンソウ，トットリフジタ25
１号のいずれかであるが，上記で前記④のイエリト社から購入したタケシマキリン
ソウと認められたＰ１１・１７，トットリフジタ１号と認められたＰ１１・２１及
び２２のいずれともＤＮＡ型が異なると判定されている反面，前記③の原告代表者
がグリーンマーケットから購入したキリンソウと認められたＰ１１・１８及び１９
とＤＮＡ型が同一であると判定されているから，Ｐ１１・１８及びＰ１１・１９と
同じく，前記③の原告代表者がグリーンマーケットから購入したタケシマキリンソ5
ウであると認めるのが相当である。
以上からすると，トットリフジタ１号は，原告代表者がグリーンマーケットから
購入したタケシマキリンソウとはＤＮＡ型が明確に区別できて異なるのに対し，本
件被疑種苗とはＤＮＡ型が明確に区別されないのであるから，原告代表者がグリー
ンマーケットから購入したタケシマキリンソウと本件被疑種苗のＤＮＡ型は異なる10
といえる。
ｂもっとも，１０マーカーでの鑑定結果によれば，Ｐ１１・１ないし
１５とトットリフジタ１号とのＤＮＡ型が全て同一であるとされているところ，こ
のうちＰ１１・１ないしＰ１１・５は，前記③のグリーンマーケットから購入した
タケシマキリンソウ，前記④のイエリト社から購入したタケシマキリンソウ，トッ15
トリフジタ１号のいずれかであり，Ｐ１１・１１ないしＰ１１・１５は，前記③の
グリーンマーケットから購入したタケシマキリンソウ，トットリフジタ１号のいず
れかである。そして，無作為に採取したはずのＰ１１・１ないしＰ１１・５とＰ１
１・１１ないしＰ１１・１５の全てが偶然にトットリフジタ１号であったとは考え
難いから，１０マーカーの鑑定結果は，２０マーカーの鑑定結果との間に齟齬があ20
ることになる。そして，実際にも，例えば同じＳＳＲマーカー２５１や同２６３に
おいて，１０マーカーの鑑定（甲１５０）では，全ての試料のＤＮＡ型が同一であ
ると判定されているのに対し，２０マーカーの鑑定（甲１４４）では，前記③のグ
リーンマーケットから購入したタケシマキリンソウ，前記④のイエリト社から購入
したタケシマキリンソウ，トットリフジタ１号との間でＤＮＡ型が異なるとされて25
おり，両者には齟齬がある。
しかし，前記ア(ｵ)の認定のとおり，Ｐ８教授は，１０マーカーを用いていた時期
には，ＤＮＡだけを特異的に染める蛍光物質としてゲルグリーンを使っていたが，
それでは解像度が悪く，バンドの像が見えにくい傾向にあったことから，２０マー
カーを用いるときには，エチジウムブロマイドを使用したと認められ，２０マーカ
ーの方が識別精度が高いと認められるから，２０マーカーによる電気泳動の結果を5
採用して，上記のとおり認定するのが相当である。
ｃまた，前記認定によれば，やまくさから購入したタケシマキリンソ
ウは，トットリフジタ１号とＤＮＡ型が異なると判定されており，実際にも甲１３
８の電気泳動写真において，やまくさのタケシマキリンソウ（写真符号Ｓ）とトッ
トリフジタ１号（写真符号１Ａないし１Ｅ）のバンド帯は，例えばＳＳＲマーカー10
２９３及び同３５３において顕著に異なっており，判定は信用し得る。もっとも，
これは１０マーカーでの試験であるが，２０マーカーの場合はバンドの識別精度が
より向上するのであるから，１０マーカーでの試験においてバンド帯の位置が顕著
に異なると判定される以上，ＤＮＡ型が異なると認めて差し支えはない。
そうすると，グリーンマーケットの場合と同様に，やまくさが販売するタケシマ15
キリンソウについても，本件被疑種苗とＤＮＡ型が異なるといえる。
キ以上の検討によれば，前記(1)のとおりＰ２が本件株分けに使用した株は，
トットリフジタ１号とタケシマキリンソウ（やまくさ又はグリーンマーケットから
購入したもの）のいずれかであるところ，やまくさ及びグリーンマーケットから購
入したタケシマキリンソウは，そのいずれもが本件被疑種苗とＤＮＡ型において異20
なる反面，本件被疑種苗はトットリフジタ１号とＤＮＡ型が明確に区別されないの
であるから，２０マーカーを使用した本件鑑定２に供された本件被疑種苗はトット
リフジタ１号と認めるのが相当である（なお，トットリフジタ１号が，やまくさ及
びグリーンマーケットから購入した以外の公知のタケシマキリンソウと区別性を欠
く品種であるか否かは，原告が主張する原始的瑕疵２の問題として後に検討する。）。25
そして，２０マーカーを使用した本件鑑定２のための本件被疑種苗の採取におい
ては，本件出口料金所及び本件入口料金所において，南東エリアの１か所，南西エ
リアと北東エリアの各２か所のトレイから，それぞれ５株ずつを採取しており，こ
うして無作為に採取した試料について前記のようなＤＮＡ鑑定の結果が得られたこ
とや，前記のとおりＰ２の記録の記載方法として，トットリフジタとタケシマキリ
ンソウは区別されているところ，本件株分けに係る育苗状況報告書にはそれまでト5
ットリフジタの趣旨で記載されていたのと同じ「カット苗キリン」，「キリンカ
ット苗」との語が使われていることを考慮すると，本件株分けに係る本件被疑種苗
は，全てトットリフジタ１号であったと認めるのが相当である。
(3)比較栽培試験について
本件では，被告は，本件比較栽培試験も，原告がトットリフジタ１号を増殖した10
ことの根拠として主張していることから，その信用性についても検討する。
ア証拠（乙７１のほか後掲のもの）によれば，以下の事実が認められる。
(ｱ)比較栽培試験に用いられる審査基準等
ａ種苗管理センターの業務方法書（以下，「業務方法書」ということ
がある。）第７条には，「栽培試験の実施にあっては，農林水産省食料産業局長が15
定める一般審査基準及び種類別審査基準に準拠するとともに，センターが植物の種
類ごとに定める栽培特性調査マニュアルに基づき行うものとする。」と規定されて
いる（甲１５７）。
この業務方法書７条にいう「一般審査基準」は，「区別性，均一性及び安定性（Ｄ
ＵＳ）審査のための一般基準」（甲１１９の「登録出願品種審査要領」の別添４，20
以下「一般基準」という。）である。
また，同条の「種類別審査基準」に該当するのが本件審査基準であり，ベンケイ
ソウ科マンネングサ属の「きりんそう」と呼ばれるアイゾーン種とカムチャティカ
ム種を対象植物とする。なお，キリンソウに関しては，同条にいう「特性調査マニ
ュアル」は存在しない（甲１００の１，乙７１ｐ９９）。25
ｂ上記の種類別審査基準が定める形質には，質的形質，疑似の質的形
質及び量的形質がある。質的形質とは，植物の雄雌，倍数性等階級値が個々に不連
続となる形質であり，階級値が異なれば品種間に区別性があるとされる。疑似の質
的形質とは，例えば形に関する形質で，ある程度連続して変異するが，直線的連続
ではなく曲線等２次元以上の複雑な変異をするもので，この場合は，卵形，長円形，
円形，倒卵形のように区切って質的形質と同様の取扱いを行い，原則として階級値5
が異なれば区別性があると判定されるが，連続して変異することを考慮して，明確
な差異があることを確認しなければならないとされる。量的形質とは，植物の茎の
長さのように直線的に連続して変異するものであり，原則として１階級値の幅以上
異なれば区別性があると判定される。（以上，一般基準第３の６）
本件審査基準において，きりんそうについて定められた５１形質のうち，調査方10
法が「観察」とされる項目は，質的形質又は疑似の質的形質であり，調査方法が「測
定」とされる項目は，量的形質である（ただし形質番号５０を除く。）。また，本
件審査基準に定められた形質は，１月の厳冬期に調査すべき「常緑性の品種のみ」
のものと，それ以外の６月から７月の花序の５０％開花時に調査すべきものとがあ
る。15
また，種類別審査基準では，特に量的形質については標準品種が定められる。植
物は，栽培環境が異なると生育状態が変化することから，栽培環境が変わっても評
価される階級値が変わらないように，標準品種との相対評価を行うためである（甲
１０４ｐ１６ないし１７）。本件審査基準でも，量的形質については全て標準品種
が設定されている。20
ｃ上記の種苗管理センターの業務方法書には，品種類似性試験につい
て，次のとおり規定されている（甲１５７条）。
「第６９条の４
第１項センターは，育成者権者等からの依頼に基づき，育成者権を侵害した
種苗等を判定するための品種の類似性に関する試験（以下「品種類似性試験」とい25
う。）を行うものとする。
第３項品種類似性試験は，次に掲げる事項のうち試験依頼者の依頼する事項
について行うものとする。
(1)登録品種及び出願品種（以下「登録品種等」という。）と当該登録品種
等に係る育成者権の侵害が疑われる品種との特性比較
(2)登録品種及び当該登録品種等に係る育成者権の侵害が疑われる品種との5
比較栽培」
また，これらの品種類似性試験について，種苗管理センター育成者権侵害対策実
施細則には，次のとおり規定されている（甲１５７）。
「業務方法書第６９条の４第３項(1)の特性比較とは，品種類似性試験を依頼しよ
うとする者（以下「試験依頼者」という。）から独立行政法人種苗管理センター（以10
下「センター」という。）に提出された植物体同士を目視及び計測により比較し，
必要な項目について種類別審査基準を用いて特性を調査する試験をいう。なお，植
物体の形質は栽培環境により変動するため，特性比較の結果区別性が認められたこ
とをもって，比較した植物体同士が同一の品種でないとするものではなく，このこ
とを確認するためには次項の比較栽培の実施が必要であることを，センターはあら15
かじめ試験依頼者に説明するものとする。」
「業務方法書６９条の４第３項(2)の比較栽培とは，試験依頼者から提出された種
苗又は提出された植物体から生産された種苗を業務方法書第４条の品種登録に係る
栽培試験と同一の方法で栽培し，必要な項目について種類別審査基準を用いて特性
を調査する試験をいう。」20
(ｲ)本件比較栽培試験の鑑定試料
ａ本件被疑種苗は，平成２４年８月２８日に株分けされ，淡路島のＰ
３の畑（乙２４）で露天栽培された（ただし冬場はナイロン製のビニールをかぶせ
る。乙７８ｐ１１）後，平成２５年２月６日，本件料金所用に４５３トレイ（原告
製品３）が出荷された。その後，同年８月１日，鳥取警察署司法警察員は，本件料25
金所において，同所に移されていた本件被疑種苗を採取して任意提出を受け，これ
を領置した（乙４９）。採取に当たっては，北東側，南東側，南西側，北西側から
分散させて，入口・出口について各３０株を，スコップで掘り出して採取し，トレ
イにポット苗として植え替えて，茨城県つくば市の種苗管理センターに持ち込んだ
（乙７５ｐ６ないし８及び１７，甲１０５）。
ｂＰ６は，平成２５年８月２０日，鳥取県＜以下略＞所在の自社の圃5
場のビニールハウスで栽培していた鑑定フジタ２年生３０株とトットリフジタ２号
３０株（以下「鑑定フジタ２号」という。）を鳥取警察署に提出した。Ｐ６は，同
年８月に，警察が領置した本件被疑種苗を見る機会があり，それが前年９月頃に植
え付けられたものと考え，それと同じような年頃のものを選出して提出した。（乙
７３ｐ３１，３４ないし３５）10
ｃ種苗管理センターでは，栽培試験を行うには苗の齢がそろっていな
ければ正確な試験結果を得られないところ（甲１０５），本件被疑種苗の齢が不明
であったことから，植苗後１０か月程度育てたトットリフジタ１号を鑑定に使用し
たい旨，鳥取警察署に申し出た。そこで，Ｐ５は，平成２５年９月５日，鳥取警察
署の要請を受け，フジタで１０か月程度育てたトットリフジタ１号であるとして，15
鑑定フジタ１年生を３０株提出した。（乙７１ｐ７及び９３，乙７２ｐ９，乙７５
別紙１４の捜査報告書）
ｄなお，フジタでは，挿し木の時期に関わらず，挿し木してから一冬
を越えたものを２年生と呼び，冬を越えていないものを１年生と呼んでいる。２年
生には，冬を越すことで，根付近が茶色く変色する木質化が生じる。（乙７２ｐ４，20
乙７３ｐ１０５）
(ｳ)本件比較栽培試験の実施方法及び本件比較栽培試験鑑定の判定方法
ａ本件比較栽培試験では，平成２５年９月９日，フジタから提供を受
けた鑑定フジタ１年生，鑑定フジタ２年生及び本件被疑種苗の苗をポリポットに定
植した（乙５０，乙５１，甲１００の１，２）。25
ｂ本件比較栽培試験において標準品種として使用した富山在来種と佐
渡在来種については，挿し穂（カット苗）を各５０本用意し，平成２５年９月１８
日に挿し木をし，同年１０月１５日にポリポットに移植し，同年１２月２６日にポ
リポットに定植した（乙５０，乙５１，甲１００の１，２）。
ｃ本件審査基準では，量的形質について，富山在来と佐渡在来のほか
に，新潟在来と大雪山が標準品種として定められているが，種苗管理センターでは，5
後二者は手元になかったため，前二者のみを本件比較栽培試験に供試した（乙７１
ｐ１０２）。
ｄ種苗管理センターでは，色の調査にはＲＨＳカラーチャートを用い，
測定にはノギス，メジャー，シックネスゲージ等の器具を用いるなどした。質的形
質については担当者３人が協議し，階級値を決定した。他方，量的形質については，10
階級値を決定する前提として階級幅を設定した上で，階級値設定表（乙５０等に添
付）を作成し，それに今回の平均実測値を当てはめて，階級値を決定した（乙７１
ｐ１２ないし１６）。
階級幅の設定方法は，①本件比較栽培試験における標準品種の測定値と，本件比
較栽培試験におけるトットリフジタ１号（鑑定フジタ１年生と鑑定フジタ２年生）15
及びトットリフジタ２号（鑑定フジタ２号）の測定値の平均値との差を算出し，そ
れを，種類別審査基準における標準品種の階級値と，品種登録簿の特性表記載のト
ットリフジタ１号及びトットリフジタ２号の階級値との階級差で除することにより，
本件比較栽培試験における階級幅及び階級範囲の数値を設定する方法（例えば形質
番号３），②本件比較栽培試験における標準品種の測定値と，登録審査の特性調査20
時の測定値とを対比して生育比を求め，本件特性表の作成時に設定された階級幅及
び階級範囲として判明している数値にこれを乗じて，本件比較栽培試験における階
級幅及び階級範囲の数値を設定する方法（例えば形質番号４），③本件比較栽培試
験における標準品種の平均実測値を，本件審査基準における標準品種の階級の中間
値（例えば階級が５であれば中間値は４．５となる。）で除して，階級幅を設定す25
る方法（例えば形質番号３９），④本件比較栽培試験におけるトットリフジタ１号
（鑑定フジタ１年生及び鑑定フジタ２年生）とトットリフジタ２号（鑑定フジタ２
号）の測定値の平均値の差を，本件特性表におけるこれら２つの登録品種の階級値
の差で除することにより，本件比較栽培試験における階級幅を算出し，その階級幅
をもとに階級範囲の数値を設定する方法（例えば形質番号８）が採られた（乙７１
ｐ４６ないし５２）。5
(ｴ)本件比較栽培試験鑑定の結果
ａ鑑定フジタ１年生と本件被疑種苗との区別性
鑑定フジタ１年生と本件被疑種苗（本件入口料金所）とは，いずれも量的形質で
ある茎の長さ（形質番号７），冬期の茎の長さ（同８），花序の長さ（同３９），
花序の幅（同４０）で階級値が異なり，前二者は１階級幅以上，後二者は２階級幅10
以上の相違があることから，両品種間には区別性が認められ，類似性が高くないと
判定された（甲１００の２）。
また，鑑定フジタ１年生と本件被疑種苗（本件出口料金所）とは，いずれも量的
形質である株張り（形質番号３），茎の長さ（同７），冬期の茎の長さ（同８），
花序の長さ（同３９），花序の幅（同４０）で階級値が異なり，前二者は１階級幅15
以上，後三者は２階級幅以上の相違があることから，前記同様に，両品種間の区別
性が認められ，類似性が高くないと判定された（甲１００の１）。
ｂ鑑定フジタ２年生と本件被疑種苗との区別性
鑑定フジタ２年生と本件被疑種苗（本件入口料金所）とは，いずれも量的形質で
ある冬期の葉の厚さ（形質番号３４），花冠裂片の長さ（同４５），開花の早晩性20
（同５０）で階級値が異なったが，平均実測値の差がいずれも階級値設定表の１階
級幅に満たないことから，明確な区別性が認められず，非常に類似性が高いと判定
された（乙５０）。
また，鑑定フジタ２年生と本件被疑種苗（本件出口料金所）とは，いずれも量的
形質である株張り（形質番号３），冬期の茎の長さ（同８），冬期の葉長（同３０），25
花序の長さ（同３９），開花の早晩性（同５０）で階級値が異なったが，平均実測
値の差がいずれも階級値設定表の１階級幅に満たないことから，明確な区別性が認
められず，非常に類似性が高いと判定された（乙５１）。
なお，本件比較栽培試験鑑定によって決定された鑑定フジタ２年生の階級値は，
本件特性表上の階級値と異なっているものがある（形質番号３，４，７，８，１０，
１１，１４など）。この要因について，農林水産省で品種登録審査を担当するＰ１5
９は，①登録審査時は鳥取県＜以下略＞のＰ４の圃場で現地調査が行われたのに対
し，本件比較栽培試験は茨城県つくば市のセンターで行われており，栽培環境が大
幅に異なることが影響している，②通常の審査では，出願品種と標準品種の苗を定
植する時期を合わせるが，本件比較栽培試験では，標準品種の定植が，本件被疑種
苗や鑑定フジタ２年生等を定植した時期より約３か月遅れていることが考えられる10
と述べている（甲１０４ｐ１６ないしｐ１７）。
イ以上を踏まえ，本件比較栽培試験鑑定における鑑定フジタ２年生と本件
被疑種苗との間に明確区別性が認められないとの鑑定結果に基づき，本件被疑種苗
がトットリフジタ１号と特性により明確に区別されない品種と認められるかについ
て検討する。15
(ｱ)まず，鑑定試料について検討するに，鑑定試料たる鑑定フジタ１年生
及び鑑定フジタ２年生と品種登録されたトットリフジタ１号との同一性については，
先にＤＮＡ鑑定について述べたとおり，同一性を有すると認められるから，この点
に特段の問題はない。この点について原告は，いわゆる現物主義に反すると主張す
るが，登録品種と同一性の認められる種苗である限り，それを用いて比較栽培試験20
を実施することは，何ら現物主義の趣旨に反しないというべきである。
また，本件被疑種苗についても，同様に実際にＰ３の農場から出荷され，本件料
金所に移されたものであると認められる。
(ｲ)次に試験方法について検討する。
ａ前記認定のとおり，種苗管理センターが行う比較栽培試験は，試験25
依頼者から提出された種苗又は提出された植物体から生産された種苗を，品種登録
に係る栽培試験と同一の方法で栽培し，必要な項目について種類別審査基準を用い
て特性を調査する試験であるが，その趣旨は，登録品種と被疑品種について，登録
審査時と同様の比較栽培試験と判定を行うことによって，審査基準を拠り所にして，
両者間に区別性が認められるか否かを判断しようとするものであると解され，合理
的なものである。5
ｂところで，比較栽培試験を適正に行うためには，鑑定試料間の生育
期間と栽培環境を揃える必要があるところ，明確区別性が認められないと判定され
た鑑定フジタ２年生と本件被疑種苗を見ると，本件被疑種苗は平成２４年８月２８
日に株分けされ，同年９月に挿し木されたものであり，鑑定フジタ２年生は，Ｐ６
が，本件被疑種苗が同年９月に挿し木されたと考えてそれと同程度の齢のものを自10
社の圃場から採取して提出したものであるから，同じく平成２４年９月頃に挿し木
されたものと推認される。したがって，両者の苗の生育期間は揃っているといえる。
他方，本件被疑種苗と鑑定フジタ２年生の挿し木後・種苗管理センターに搬入さ
れるまでの栽培状況は，本件被疑種苗は平成２５年２月６日まで淡路島のＰ３の農
場で露天（冬期はビニールシートをかぶせる）で栽培され，同日以後は本件料金所15
の屋上に露天で生育していたのに対し，鑑定フジタ２年生は鳥取県＜以下略＞のＰ
４の圃場のビニールハウス内で栽培されていたのであり，栽培環境が異なる。
もっとも，いずれも冬期はビニールシート又はビニールハウス内で栽培されてい
るから，その期間の栽培環境の相違が大きいとはいえない。また，本件被疑種苗が
本件料金所に移された平成２５年２月以降は，季節的にみてハウス内外での温度差20
がそれほど顕著となるとはいえない時期である。さらに，Ｐ６は，警察が領置した
本件被疑種苗を実際に見た上で，それと同じ年頃の鑑定フジタ２年生を鑑定資料と
して提出したのであるから，鑑定フジタ２年生の提出時点において，本件被疑種苗
と鑑定フジタ２年生との形質には大差がなかったものと推認することができる。こ
れらのことを考慮すると，種苗管理センターに搬入されるまでの栽培環境の相違が，25
形質の相違に大きく影響したとまで認めることは相当でないというべきである。
なお，鑑定フジタ１年生については，本件被疑種苗と特性において明確に区別さ
れるとの鑑定結果となっているが，鑑定フジタ１年生は，Ｐ５が，平成２５年９月
５日，鳥取警察署から，植苗後１０か月程度経ったトットリフジタ１号の種苗の提
出を求められたのに応じ，これに該当する種苗として自社の圃場で栽培していたも
のを提出したものである。そして，Ｐ５は，長年にわたってトットリフジタ１号の5
生産に携わってきたのであり，相応の生産管理もされていたはずであるから，その
Ｐ５が１０か月程度の種苗を提出するよう指定を受けた際，これに対応する種苗を
正確に選別して提出することは容易であったと推認される。そうすると，鑑定フジ
タ１年生が挿し木された時期は，平成２５年９月から１０か月程度さかのぼった平
成２４年１１月頃と認めるのが相当であり，本来的には２年生と呼称されるべきも10
のである（なお，Ｐ５は，本件刑事事件の公判段階で，この鑑定フジタ１年生は，
木質化がほぼ確認できないような状態のものを選抜して提出したと述べる［乙７２
ｐ１０］が，植苗後１０か月程度のものとの指定に反するものを提出したとは考え
難いから，同供述は採用できない。）。しかし，そうであるとしても，本件被疑種
苗の生育期間との差は２か月から３か月程度存するところ，前記ア(ｴ)ｂのとおり農15
林水産省のＰ１９が標準品種の３か月の定植遅れについて述べるところからすると，
３か月程度の生育期間の差であっても，特性に影響を及ぼすことが考えられるとい
うべきである。そうすると，鑑定フジタ２年生と鑑定フジタ１年生については，両
者の栽培環境はほぼ同じであるのに対し，生育期間は鑑定フジタ２年生の方が本件
被疑種苗と近似しているから，比較栽培試験の結果については，鑑定フジタ２年生20
によるものの方が信用し得るというべきである。
ｃなお，それらの栽培開始時期（９月）は本件審査基準の耕種概要の
栽培開始時期（春４月から５月）と合致していないが，比較栽培試験は，各形質に
係る観察結果又は測定値そのものが重視されるのではなく，標準品種を用いた上で，
対象種苗間の特性差を相対的に捉えることにより，区別性の有無を判断するもので25
あることからすれば，栽培条件に有意な差がない限り，耕種概要との上記の時期の
ずれ自体が，比較栽培試験の結果の信用性に影響を及ぼすものとは認められない。
なお，トットリフジタ１号は，通常，春植え（２月後半から７月頃）及び秋植え（９
月頃から１１月頃）が行われるものであり（乙１３ｐ２），本件比較栽培試験のよ
うに，９月頃に挿し木されること自体特異なことではないことからすると，この点
に係る耕種概要との時期のずれも，本件比較栽培試験の信用性には影響するとはい5
えない。
(ｳ)次に，判定方法について検討する。
ａ質的形質及び疑似の質的形質については，観察結果を階級値にあて
はめるに当たり，３人の担当者の協議によっており，判定方法として適正であると
認められる。10
ｂ他方，量的形質の判定方法については検討を要する。
前記認定のとおり，本件比較栽培試験鑑定においては，鑑定フジタ２年生と本
件被疑種苗との間で，複数の量的形質において階級値の相違があるが，いずれも本
件比較栽培試験の平均実測値を踏まえて設定した１階級幅の範囲内であることから
両者に明確な区別性は認められないと判定されている。このような判定手法は，審15
査時に，登録品種が，設定された特定の階級幅を前提として，１階級幅の範囲内に
公知品種が存しないことにより区別性があると判定されたことを踏まえて，本件比
較栽培試験において区別性の有無を判定する際には，審査時に設定された階級幅と
同等のものを，生育環境の相違に対応する補正を施した上で再現して，トットリフ
ジタ１号と被疑侵害品種の量的形質の差がその１階級幅の範囲内にとどまる場合に20
は，区別性がないと判定する趣旨と解され，判定基準としては合理的なものである
（ただし，差が１階級幅の範囲を超える量的形質がある場合でも，その形質の性質
や程度，植物体の種類及び性質等を総合的に考慮して，「登録品種と特性により明
確に区別されない品種」［種苗法２０条１項］に属すると判断される場合もあり得
ると解される。）。この点について，原告は，「特性審査基準（案）」や本件審査25
基準に階級幅の記載がないことから，トットリフジタ１号と本件被疑種苗との量的
形質の比較はできないと主張するが，本件審査基準に標準品種及びその階級値が記
載され，本件特性表に標準品種及び登録種苗の階級値が記載され，登録審査時の測
定データが保存されている限り，上記のような方法で比較栽培試験に使用する階級
幅及び階級範囲を設定することが可能であるから，原告の主張は失当である。
しかし，本件では，判定基準となる階級幅の具体的設定に問題がある。すなわち，5
登録品種の特性のうち特に量的形質に係る階級値は，標準品種との相対的な関係に
よって，栽培環境が変わっても維持されるものとして把握されているのであり，そ
の相対的な関係を把握するための尺度が階級幅であるから，階級幅は，標準品種を
考慮して設定すべき性質のものである。ところが，本件では，一部の標準品種しか
供試されなかった結果，本件審査基準において標準品種が定められた量的形質のう10
ちの１１形質（形質番号５，８，９，１０，２９ないし３４，３８）において標準
品種の実測値が存しないこととなっている。また，標準品種が供試された形質項目
でも，供試された標準品種は，本件被疑種苗や鑑定フジタ２年生等と異なり挿し木
から栽培を始めた上で，定植も本件被疑種苗等から約３か月遅い（鑑定フジタ２年
生等の挿し木の時期から比べるとこの差は更に拡大する。）こととなっている。そ15
して，このような生育環境と生育期間の差によって標準品種との相対的関係に影響
が生じ得ることは，前記ア(ｴ)ｂのとおり農林水産省のＰ１９も述べているところで
ある。そうすると，標準品種が供試された形質項目についても，その実測値を前提
として階級幅を設定することは適切でないというべきである（なお，階級幅を設定
する上で，トットリフジタ１号の平均実測値を算出するに当たり，本件被疑種苗と20
生育期間の異なる鑑定フジタ１年生の実測値も含めた平均値を算出した点も適切で
ないというべきである。）。
したがって，本件比較栽培試験においては，量的形質の区別性に関して，判定基
準となる階級幅を適正に設定することができないというべきである。
ｃなお，原告は，鑑定フジタ２年生の平均値と，本件被疑種苗（入口）25
及び本件被疑種苗（出口）各２０株の各数値を対比し，平均値と１階級値を超える
差異を有する株数が多数存在するとして，本件被疑種苗（入口），本件被疑種苗（出
口）のいずれも，鑑定フジタ２年生と区別性を有するものであると主張し，また，
階級幅は，平均値（中間幅）を用いて比較する決まりなどないとする。しかし，同
一種苗内でも生育差によるばらつきが生じるのが通常であるところ，複数の個体を
試験に供して得られた平均値こそが偏りのないデータであり（乙７１ｐ５１），そ5
れをもとに特性を比較するのが最も判定の正確性を担保できる方法というべきであ
って，「特定検定のための栽培試験方法」において，供試個体数が３０株とされて
いるのもその趣旨であると考えられる。したがって，原告の主張は採用できない。
(ｴ)以上からすると，鑑定フジタ２年生と本件種苗とが特性において明確
に区別されないという本件比較栽培試験鑑定の判定は，量的形質に関する限り，判10
定過程に問題があり，そのまま採用することはできないというべきである。したが
って，本件比較栽培試験の結果をもって，直ちに本件被疑種苗がトットリフジタ１
号と特性において明確に区別されない品種であるとの結論を導くことはできないが，
他方で，両者が明確に区別されない品種ではないという結論も導くことはできない
から，結局，本件比較栽培試験の結果をもって何らかの結論を得ることはできない15
というべきである。
もっとも，上記のように標準品種の実測値を用いて階級幅を適正に設定すること
ができないとしても，本件比較栽培試験では，鑑定フジタ２年生のほかに，トット
リフジタ１号と登録審査時に同一の審査基準に基づき同一の機会に同一の階級幅に
基づいて審査された登録品種（甲９２及び９３）として，トットリフジタ２号（鑑20
定フジタ２号）が供試されている。そして，登録品種たるトットリフジタ２号は区
別性と均一性と安定性を満たすと判断されて，審査時の環境の下で，トットリフジ
タ１号と同じ標準品種との相対関係での階級値を与えられている一方，本件比較栽
培試験に供された鑑定フジタ２号は，鑑定フジタ２年生と同様にＰ６がＰ４の圃場
で栽培していたものを提出しており，鑑定フジタ２年生と生育環境及び生育期間を25
同じくしているのであるから，鑑定フジタ２号と鑑定フジタ２年生との相対関係を
用いて階級幅を設定することも考えられ，前記ア(ｳ)ｄの階級幅の設定方法の④はこ
のような考え方によるものと解される。そして，この方法は，標準品種というもの
が，当該形質においてその特性が安定的に出るものとして選ばれていること（乙７
１ｐ１６）からすると，標準品種を用いた本来の階級幅の設定に比べると精度が劣
るといわざるを得ないが，それでも，参考程度には利用し得ると考えられる。そこ5
で，この方法による階級幅の設定を検討すると，①トットリフジタ１号とトットリ
フジタ２号の登録された階級値が異なる場合には，本件比較栽培試験におけるトッ
トリフジタ１号（鑑定フジタ２年生）とトットリフジタ２号（鑑定フジタ２号）の
測定値の平均値の差を，本件特性表におけるこれら２つの登録品種の階級値の差で
除する方法によるのが合理的であり（本件比較栽培試験鑑定における前記ア(ｳ)ｄの10
④），②トットリフジタ１号とトットリフジタ２号の登録された階級値が同一の場
合には，鑑定フジタ２年生と鑑定フジタ２号の各実測値平均の平均値を，登録され
た階級値が属する階級の中間値で除する方法によるのが合理的である（本件比較栽
培試験鑑定において，この場合にどのようにして階級幅を設定したのかは明らかで
ないが，前記ア(ｳ)ｄの③の方法を参酌すると，この方法によるのが合理的であると15
考えられる。）。そして，「野帳」と呼ばれる本件比較栽培試験の生データ（甲１
１８）に基づき鑑定フジタ２年生及び鑑定フジタ２号の各平均値を算出すると別紙
「鑑定フジタ２年生と鑑定フジタ２号の平均値」のとおりであり，これを踏まえて
上記の方法により階級幅を設定し，鑑定フジタ２年生と本件被疑種苗との差を見て
みると，別紙「鑑定フジタ２年生と本件被疑種苗の差」のとおり，全て１階級幅の20
範囲内にあると認められるから，この方法によっても，本件被疑種苗がトットリフ
ジタ１号であるとの前記認定を妨げるものではない。
(4)小括
以上によれば，①本件株分けの経緯からすると，本件株分けに使用された植物体
は，トットリフジタ１号かタケシマキリンソウ（原告代表者がグリーンマーケット25
又はやまくさから購入したもの）のいずれかであると認められるところ，②ＤＮＡ
鑑定の結果によれば，本件被疑種苗は上記のタケシマキリンソウでないと認められ
る一方，トットリフジタ１号とはＤＮＡ型が明確には異ならないと認められるから，
本件被疑種苗はトットリフジタ１号であると認められ，③本件比較栽培試験の結果
によってもこの認定は妨げられないと認められる。
そして，本件株分けの経緯での検討からすると，本件被疑種苗は，原告において，5
Ｐ２に指示してトットリフジタ１号を違法に増殖し，譲渡したものと認められるか
ら，原告の行為は，「品種登録を受けている品種…を業として利用する」（種苗法
２０条１項））ものと認められる。
３争点３－１（原始的瑕疵１・育成者性の欠如），争点３－２（原始的瑕疵２・
区別性の欠如），争点３－３（原始的瑕疵３・未譲渡性（新規性）の欠如）につい10
て
(1)品種登録が重大・明白な瑕疵により無効とされる場合は，当該品種登録に
係る育成者権の権利行使は許されない。また，種苗法には特許法１０４条の３第1
項のような規定がないが，種苗法にかかる品種登録についても，品種登録が種苗法
４９条１項１号所定の要件に違反してされたことが判明したときは，農林水産大臣15
はその品種登録を取り消さなければならならず，その場合，育成者権は品種登録の
時に遡って消滅したものとみなされる（同条４項１号）ことから，当該品種登録が
それらの要件に違反して登録され，取り消されるべきことが明らかであるときは，
その育成者権による権利行使は，権利の濫用に当たり許されないと解するのが相当
である（最高裁判所平成１２年４月１１日判決・民集５４巻４号１３６８号参照）。20
そして，原告が原始的瑕疵１ないし３として主張する無効・取消事由は，いずれも
種苗法４９条１項１号所定の要件違反をいうものである。
(2)ところで，被告は，原告を含む複数人が本件品種登録１について区別性の
欠如を理由としてした異議申立てについて，これを棄却する決定が確定したことに
基づき，本件で原告が区別性の欠如に基づく原始的瑕疵２を主張することは許され25
ないと主張する。
ア特許法１６７条（平成２３年法律第６３号による改正後のもの）は，「特
許無効審判…の審決が確定したときは，当事者及び参加人は，同一の事実及び同一
の証拠に基づいてその審判を請求することができない。」と定めている。この趣旨
は，審決が確定した後に同一の当事者等が同一の事実及び証拠に基づいて再び審判
を請求することは，解決済みの紛争の蒸し返しにほかならず，不合理であるとの点5
にある。そうすると，同条に当たる事情が存するときは，同法１０４条の３の「当
該特許が特許無効審判により…無効にされるべきものと認められるとき」に当たら
ず，特許権侵害訴訟における同条の主張は認められないと解するのが相当である。
そして，種苗法５１条が品種登録に対する異議申立ての期間制限を設けないこと
としたのは，育成者権が登録品種及び当該登録品種と特性により明確に区別されな10
い品種を業として利用する権利を専有するという強力な独占権であり（同法２０条
１項），その存続期間が品種登録の日から原則として２５年と長期間にわたり（同
法１９条），存続期間満了後にも存続期間中の侵害行為に対する権利行使が可能で
あるため，第三者の権利利益に与える影響が大きいことから，品種登録に対する異
議申立てに特許無効審判に類似した機能を持たせる趣旨であると解される。このこ15
とからすると，前記の特許権侵害訴訟の場合と同様に，品種登録に対する異議申立
てに係る決定が確定したときは，育成者権侵害訴訟において，当該異議申立ての当
事者が，当該異議申立てと同一の事実及び証拠に基づく登録無効・取消事由を主張
して権利濫用の主張をすることは，紛争の蒸し返しとして許されないと解するのが
相当である。なお，被告は，原告以外の者がした異議申立てに係る決定が確定した20
場合も同様に解するべきであると主張する趣旨のようにも解されるが，特許法１６
７条が従前は当事者及び参加人以外の第三者にも一事不再理効を及ぼしていたのを，
手続保障のない第三者に効力を及ぼすのは妥当性を欠くとして，平成２３年法律第
６３号により現行法のように改正された経緯に照らして採用できない。
そこでまず，原告による原始的瑕疵２に係る無効・取消事由に基づく権利濫用の25
主張の適否について検討する。
イ証拠及び弁論の全趣旨によれば，以下の事実が認められる。
(ｱ)原告は，平成２５年８月１２日，トットリフジタ１号に係る品種登録
について農林水産大臣宛てに異議申立てをした（以下「本件異議申立て」という。）。
その異議申立書（甲２１）において主張された取消事由は，トットリフジタ１号は，
タケシマキリンソウと特性の全部又は一部によって明確に区別されず，明確区別性5
を欠いており，種苗法３条１項１号の規定に違反して登録されたものであるとの点
にある。
上記の異議申立書では，公知のタケシマキリンソウは，韓国の鬱陵島に自生する
植物で１９１７年に中井猛之進によって採取された「SedumtakesimeseNakai」で
あり，①Ｐ１２准教授が「日緑工誌」に掲載した「緑化植物ど・こ・ま・で・き・10
わ・め・る」と題するコラムでは，タケシマキリンソウを平成８年６月に多肉植物
の趣味家仲間から苗を譲り受けて栽培するとともに，同年１０月から１年間生育・
越冬試験をした旨が掲載されていること，②平成８年発行の
「Phytochemistry,Vol.41,No.5」に掲載されたアジアのセダムのアルカロイドに関
する論文で，ベンケイソウ科キリンソウ属の植物として上記のタケシマキリンソウ15
が記載されていることから，上記のタケシマキリンソウは公知であると主張してい
る。
そして，上記の異議申立書では，①Ｐ１１が作成したトットリフジタ１号とタケ
シマキリンソウの特性を対比した報告書に基づき，本件審査基準に定める特性にお
いて両者に明確な区別性が認められない旨を主張するとともに，②日本食品分析セ20
ンターが行ったＤＮＡ塩基配列解析試験によれば，トットリフジタ１号とタケシマ
キリンソウは，リボソームＤＮＡのＩＴＳ領域の塩基配列が異ならないことから，
両者が遺伝子レベルで客観的に同一の品種である疑いがあり，少なくとも両者がそ
の特性において明確に区別されない旨と，トットリフジタ１号の母親が新潟在来の
タケシマキリンソウである可能性が低く，その旨の願書の記載は疑わしい旨を主張25
して，以上から，両者は特性には明確な区別性がないと主張した。
そして，原告は，証拠として甲１から甲１６（以下，本件異議申立てでの書証番
号を「異議甲１」などという。）を提出したが，それらには，①トットリフジタ１
号の登録内容等に関するもの（異議甲１，４ないし７），②原告が利害関係人であ
ることに関するもの（異議甲２及び３），③キリンソウが公知品種であることに関
するもの（異議甲８ないし１２），④トットリフジタ１号がタケシマキリンソウと5
明確区別性を欠くことに関するもの（異議甲１３ないし１６）があった。なお，上
記のＰ１２准教授のコラム（異議甲１０）は，本件での甲５５であり，上記のＰ１
１による特性対比の報告書（異議１３）は，ほぼ同一のものが本件での甲７４であ
り，上記のＮＡ塩基配列解析試験の報告書（異議甲１６）は，本件での甲６３であ
る。10
(ｲ)これに対し，農林水産大臣は，平成２６年４月２１日，異議申立てを
棄却する旨の決定をした（以下「本件異議申立て決定」という。甲１４）。そこで
は，理由として，①品種登録制度における登録の単位は，「種」よりも小さい集団
である「品種」であるのに対し，原告が添付している証拠は，いずれもタケシマキ
リンソウの「種」に関する記述にとどまり，タケシマキリンソウ種に属する特定の15
「品種」が公然知られていたことを示すものではなく，原告提出の証拠によっても，
タケシマキリンソウには特性が異なる複数の系統が存在することがうかがわれるこ
と，②証拠として提示されている特性対比及びＤＮＡ塩基配列解析試験について，
供試したタケシマキリンソウの系統が，トットリフジタ１号の品種登録出願前に公
知となっていた証拠が示されていないことが示された。20
(ｳ)本件異議申立て決定については，原処分の取消しの訴え及び裁決取消
しの訴えが所定期間内に提起されず，確定した（弁論の全趣旨）。
ウ以上に基づき，まず原告が原始的瑕疵２として主張する無効・取消事由
が，本件異議申立てと同一の事実及び証拠に基づくものであるかを検討すると，本
件で，原告が原始的瑕疵２として主張する無効・取消事由は，公知のタケシマキリ25
ンソウとの間で特性において明確区別性を欠くというものであり，種苗法３条１項
１号違反をいうものであるから，本件異議申立てで主張された取消事由と同一の事
実に基づくものである。
そこで，証拠の同一性を見ると，前記認定のとおり，本件で原告がトットリフジ
タ1号と公知のタケシマキリンソウの明確区別性の欠如を立証するために提出した
証拠は，その多くにおいて本件異議申立てで提出したものと重複している。しかし，5
本件では，Ｐ８教授によるＤＮＡ鑑定の証拠が追加されており，この証拠は本件異
議申立てでの証拠を補足するにとどまるものではない。このことからすると，本件
における原始的瑕疵２の主張が，本件異議申立てと同一の証拠によりされていると
認めることはできないから，その主張が妨げられることはないというべきである。
そこで，次に，原告主張の原始的瑕疵１ないし３が存することが明らかであると10
認められるかについて検討する。
(3)原告主張の原始的瑕疵１ないし３について
アトットリフジタ１号とタケシマキリンソウの重要な形質に係る特性につ
いて
植物は生育期間や生育環境により生長具合に影響を受けることから，二つの植物15
体の特性を直接に比較するには，生育条件を揃えた適正な比較栽培事件によること
が必要である。しかし，本件では，トットリフジタ１号とタケシマキリンソウにつ
いて，そのような比較栽培試験を行った結果は示されておらず，Ｐ１１による甲７
４の特性比較報告書もどのような比較栽培を行ったのか明らかでない。
また，その点を措くとしても，トットリフジタ１号については，農林水産省の調20
査担当審査官が作成したトットリフジタ１号の出願品種の審査結果を記載した決裁
文書（甲９２の２）及び同決裁文書に添付された現地調査報告書（甲９２の４）に
は，「「新潟在来」及び「佐渡在来」と比較して，冬期の茎の伸長程度が強く，萌
芽が早いこと等で区別性が認められる」と記載されており，種々の特性の中で，こ
れが最も重要な特性であると認められる。他方，タケシマキリンソウについては，25
①Ｐ１２准教授のコラム「緑化植物ど・こ・ま・で・き・わ・め・る」（甲５５）
には，「栽培事例に関する報文によれば，英国の栽培家では遅霜によって植物に被
害が出やすい時でさえ十分に生育し，また多くの植物が休眠する冬季にほとんど被
害を受けず落葉せずに維持され，冬季も着葉していると報じている」旨が記載され，
Ｐ１２准教授も，本件刑事事件での証言において，茎と葉が一体となったシュート
と呼ばれる芽が秋口から生長を始め，常緑ともとれる生長を示すと述べ（乙７４ｐ5
１１），②千葉県立農業大学校研究科課長Ｐ２０は，タケシマキリンソウも秋から
春にかけて生育すると述べ（甲６４），③上記のＰ１１の特性対比報告書（甲７４）
では，「茎の伸長程度」（形質番号６）について，「強」とされているが，これら
によっても，タケシマキリンソウの冬期の茎の伸張程度がどの程度であるのかは必
ずしも明らかでない。かえって，④Ｐ１２准教授の「日本のクライメートゾーン８10
に相当する２地点におけるセダムの生育と越冬性について」（乙３）には，各照射
条件下における生息反応として平成１１年１０月から平成１２年１０月まで，１か
月ごと又は２か月ごとに茎長を測定した結果がグラフ化されて掲載されており，そ
れによれば，タケシマキリンソウは，他の種類と同様，冬期に当たる１２月から２
月にかけていずれの条件下でもほとんど茎長に変化がなかったグラフとなっており，15
また，⑤Ｐ５は，本件刑事事件の証言において，アルペンガーデンから入手したタ
ケシマキリンソウは１０月から２月にかけてはほとんど伸びないと述べている（乙
７０ｐ２５）。これらからすると，タケシマキリンソウが，冬期の茎の伸長程度が
強いというトットリフジタ１号の最も重要な特性を有するかについては明らかでな
いというべきである。20
また，Ｐ１２准教授は，本件刑事事件の証言において，自分の栽培していたタケ
シマキリンソウは葉の形等に変異が多く出たが，トットリフジタ１号は変異が出な
かったと述べており（乙７４ｐ２１ないし２２），このことからしても，両者が重
要な形質において明確区別性を欠くと認めることは困難である。
イＤＮＡ鑑定について25
(ｱ)前記２(2)オのとおり，Ｐ８教授によるＤＮＡ鑑定は，アガロースゲ
ル電気泳動像において，２つの鑑定試料のバンド位置が明確に区別し得る場合には，
両者のＤＮＡ型は異なると断定することができる点において，品種識別としての信
用性を有すると認められる。
(ｲ)Ｐ８教授によるＤＮＡ鑑定のうちタケシマキリンソウが鑑定試料に
含まれる可能性のあるもの（甲１３６，１３８，１４０，１４２，１４４，１５０）5
において，鑑定試料とトットリフジタ１号のＤＮＡ情報が同一であるとされたもの
は２つある。そのうちの一つは，１０マーカーを用いた甲１５０のＤＮＡ鑑定にお
いて，Ｐ９から採取したタケシマキリンソウを含む可能性のあるＰ１１・１ないし
Ｐ１１・１５のＤＮＡ型が，トットリフジタ１号のものと同一であるとされたもの
である。10
しかし，同じくＰ９から採取した鑑定試料について，２０マーカーを用いた甲１
４４のＤＮＡ鑑定では，タケシマキリンソウと認められるＰ１１・１６ないしＰ１
１・２０について，ＤＮＡ型がトットリフジタ１号のものと明確に区別することが
できる結果となっており，しかも，Ｐ１１・１６ないしＰ１１・２０にはＰ１１が
甲１４７でタケシマキリンソウを入手したルートとして述べる全てのルートに係る15
ものが含まれている。そして，前記２(2)カ(ｲ)ｂのとおり１０マーカーによる甲１
５０のＤＮＡ鑑定は，識別精度において２０マーカーによるものに劣り，採用でき
ないものである。したがって，甲１５０の結果をもってタケシマキリンソウとトッ
トリフジタ１号のＤＮＡ情報が同一であると認めることはできない。
(ｳ)他にトットリフジタ１号と同一のＤＮＡ型を有すると判定された鑑20
定結果としては，「タケシマキリンソウ（鉾葉，平成１１年ころ入手桐蔭横浜大
学で保管していたもの）１株」について，トットリフジタ１号とＤＮＡ情報が同
一であると判定された甲１４０の鑑定（１０マーカー）がある。
しかし，前記２(2)オのとおり，そもそもＰ８教授によるＤＮＡ鑑定の手法では，
ＤＮＡ情報が同一であると判断された場合でも，ＤＮＡ情報が明確に区別できない25
ということが認められるにとどまり，同一であるとまで認定することはできない。
また，１０マーカーによる鑑定は，識別精度が低いと認められることも前記のとお
りである。そうすると，上記の甲１４０の鑑定をもって，トットリフジタ１号と上
記試料でタケシマキリンソウとされた試料とのＤＮＡ情報が同一であると認めるこ
とはできない。
また，その点を措くとしても，甲１４０の鑑定の試料となった「タケシマキリン5
ソウ」は，平成１１年に入手したものとされているが，Ｐ１２准教授によれば，こ
れは，平成２５年頃に，Ｐ１２准教授が，平成１１年の入手先から，当時と同一の
種苗と指定した上で再入手しようとしたところ，入手先が別の譲渡先に譲渡してい
たものを再入手したものである（乙７４ｐ１８，ｐ３３，ｐ３４）。そして，この
間が１４年も離れていることからすると，こうして入手した鑑定試料が平成１１年10
当時にＰ１２准教授のもとにあったタケシマキリンソウを増殖したものであるとは
直ちに推認できず，結局，この鑑定試料がタケシマキリンソウであることを認める
に足りる的確な証拠はないというほかはない。
したがって，甲１４０の鑑定結果をもって，タケシマキリンソウとトットリフジ
タ１号のＤＮＡ情報が同一であると認めることはできない。15
(ｴ)日本食品分析センターによる「タケシマキリンソウ」とトットリフジ
タ１号のＤＮＡ塩基配列解析試験（甲６３）では，原告が提供したトットリフジタ
１号とタケシマキリンソウのＤＮＡ塩基配列解析の結果，核リボソームＤＮＡＩ
ＴＳ１領域においては１００％，核リボソームＤＮＡＩＴＳ２領域においては９
９％一致し，トットリフジタ１号はタケシマキリンソウと同一又は近縁なベンケイ20
ソウ科植物に由来する可能性が高いと判断された。しかし，同センター自ら，この
ＤＮＡ塩基配列解析試験は，品種ではなく，種までの識別を目的とした試験であり，
品種の識別を行う場合は，ＤＮＡマーカーを用いた方法が一般的であると説明して
いること（乙６）からすると，上記ＤＮＡ塩基配列解析試験の結果をもって，タケ
シマキリンソウとトットリフジタ１号のＤＮＡ情報が同一であると認めることはで25
きない。
(ｵ)なお，上記の甲１４４のＤＮＡ鑑定によれば，いずれもタケシマキリ
ンソウと認められるＰ１１・１６とＰ１１・１７とＰ１１・１８ないし２０とは，
それぞれＤＮＡ型が明確に異なっていると認められるから，本件異議申立て決定が
述べるとおり，タケシマキリンソウには複数の系統が存在することがうかがわれ，
上記の各種試験に供試したタケシマキリンソウの系統が，トットリフジタ１号の品5
種登録出願前に公知となっていたことを認めるに足りる証拠はないというべきであ
る。
(ｶ)以上によれば，ＤＮＡ鑑定に基づいて，トットリフジタ１号がタケシ
マキリンソウと特性において明確に区別できない品種である（原始的瑕疵２）とは
認められず，Ｐ１２准教授が第三者に譲渡したのがトットリフジタ１号である（原10
始的瑕疵３）とも認められない。
ウＰ１２准教授の本件刑事事件における証言について
Ｐ１２准教授は，本件刑事事件において，①平成１０年か平成１１年頃，セダム
ソサエティの会員である友人から常緑性のタケシマキリンソウを入手し，自ら栽培
研究する一方，平成１２年頃にＰ５に対して常緑性のものとして渡したほか，緑化15
関係企業数社にも配ったこと，②Ｐ１２准教授は，タケシマキリンソウ以外にも種々
の苗をＰ５に渡しており，それらについてＰ５から共同出願の提案があったことを
述べる（乙７４ｐ３ないし１５）。しかし，Ｐ５は，Ｐ１２准教授からタケシマキ
リンソウやツルマンネングサ等の苗をもらったことは認めつつ，トットリフジタ１
号は，当時に各地から収集してきたキリンソウを自社の圃場で区画を区切って栽培20
していた中から発見したものと述べている（乙７０ｐ３４ないし３６）。このこと
に加え，Ｐ１２准教授自身，Ｐ５からの共同出願の提案について，タケシマキリン
ソウの共同出願の話だったのか曖昧であることを自認している（乙７４ｐ１４）こ
とを考慮すると，Ｐ５がＰ１２准教授に対して，タケシマキリンソウの共同出願を
提案したと認めることはできず，また，仮にそのような提案をしたとしても，その25
ことから，被告において，Ｐ５がＰ１２准教授から譲り受けたタケシマキリンソウ
をトットリフジタ1号として品種登録出願した（原始的瑕疵１）と推認することは
できない。
エ以上によれば，争点３－１ないし争点３－３に係る原告の原始的瑕疵１
ないし３の主張はいずれも理由がない。
４争点３－４（後発的瑕疵１・均一性，安定性の喪失）について5
(1)種苗法４９条１項２号は，品種登録がされた後において，登録品種が同号
所定の要件を備えなくなったことが判明したときは，農林水産大臣はその品種登録
を取り消さなければならないと規定し，その場合，育成者権は，取消しの時点から
消滅するとしている（同条４項柱書き）。登録品種にこのような後発的取消事由が
生じた場合には，当該育成者権は保護されるべき実質的価値を欠くものとなったと10
いえるが，その場合でも育成者権の消滅に後発的取消事由が生じた時点までの遡及
効を認めなかったのは，登録品種の特性が保持されなくなったと判定するためには，
審査時と同様の現地調査や栽培試験によってそのことを確認することを要する（種
苗法４７条）ことから，その確認ができた時点以前の特性喪失を認定することがで
きないという点にあると解される。この趣旨からすると，登録品種に後発的取消事15
由が生じ，侵害訴訟において当該品種登録が取り消されるべきことが明らかになっ
たときは，農林水産大臣による取消し前であっても，後発的取消事由の発生が明ら
かに認められる時点以後の当該育成者権による権利行使は，権利の濫用に当たり許
されないと解するのが相当である。
(2)原告は，後発的瑕疵１として，本件特性表記載のトットリフジタ１号の特20
性と，本件比較栽培試験における鑑定フジタ1年生の特性と，本件比較栽培試験に
おける鑑定フジタ２年生の特性とが，それぞれ特性において明確に区別されるとし
て，遅くとも平成２４年８月頃には，トットリフジタ１号が均一性，安定性を欠く
に至っていたと主張する。
しかし，本件特性表記載のトットリフジタ１号の特性と，本件比較栽培試験にお25
ける鑑定フジタ1年生・鑑定フジタ２年生の特性の比較をいう点については，本件
特性表記載のトットリフジタ１号の特性は登録審査時の栽培状況に基づくものであ
るのに対し，鑑定フジタ１年生・鑑定フジタ２年生の特性は本件比較栽培試験時の
栽培状況に基づくものである上，登録審査時のトットリフジタ１号の齢と，鑑定フ
ジタ１年生・鑑定フジタ２年生の齢とがそれぞれ同一であると認めるに足りる証拠
はないから，それらの生育環境及び生育期間の相違により特性に相違が生じた可能5
性がある（甲１０４ｐ１６ないし２０）。また，前記のとおり本件比較栽培試験は，
標準品種を供試していない等のために量的形質についての判定過程に問題があり，
その階級幅の設定及びそれに基づく階級値の判定を直ちに採用することはできない。
そうすると，原告のいうような差異があることをもって，トットリフジタ１号が安
定性又は均一性を欠くに至ったと認めることはできない。10
また，本件比較栽培試験における鑑定フジタ１年生の特性と鑑定フジタ２年生の
特性の比較をいう点については，前記のとおり，鑑定フジタ１年生と鑑定フジタ２
年生とでは，挿し木された時期が２か月から３か月程度異なっており，その程度の
齢の差が，特性の差異に反映されている可能性がある上，本件比較栽培試験におけ
る階級値の判定を直ちに採用できないことは前記のとおりであるから，鑑定フジタ15
１年生と鑑定フジタ２年生の特性の差異をもって，トットリフジタ１号が安定性又
は均一性を欠くに至ったと認めることはできない。
なお，原告は，登録時のトットリフジタ１号，鑑定フジタ１年生，鑑定フジタ２
年生の間に生じている特性の差異は，栽培環境や栽培齢の差異では説明がつかない
ものであると主張するが，そのように言えるだけの根拠は示されていない。また，20
原告は，安定性の検討において齢の差は無関係であると主張するが，齢の差が特性
に影響を及ぼす可能性がある以上，異なる世代間での安定性を判定するには，各世
代における同一の齢の種苗を対比する必要があるから，この点に関する原告の主張
も失当である。
(3)以上から，原告の主張する後発的瑕疵１は理由がない。25
５争点３－５（後発的瑕疵２・均一性の喪失）について
(1)原告は，後発的瑕疵２として，本件比較栽培試験に供試された鑑定フジタ
１年生及び鑑定フジタ２年生の各２０株について，形質ごとの平均値から１階級値
以上異なった株も数多くあることから，遅くとも平成２４年８月頃には，トットリ
フジタ１号が均一性を欠くに至っていたと主張する。
(2)品種登録出願の審査に用いられる一般基準（「区別性，均一性及び安定性5
（ＤＵＳ）審査のための一般基準」）の「第４均一性判定に関する基準」には，
次のとおり規定されている（甲１１９）。
「均一性の審査は，有性繁殖又は栄養繁殖をすることから予測できる変異を除い
て，法第３条第１項第２号に規定する要件（同一の繁殖の段階に属する植物体の全
てが特性の全部において十分に類似していること）を満たすものであるか否かにつ10
いて行う。」，「栄養繁殖性品種…の場合，異型個体の混入数が繁殖された出願品
種の個体数に応じ次に掲げる最大混入許容数を超えないとき，均一性があると判定
する。この場合の異型個体とは，出願品種と第３による区別性が認められる個体数
をいう。
出願品種の個体数最大混入許容数15
≦５０
６～３５１
３６～８２２
８３～１３７３」
また，ここで参照される一般基準の「第３区別性の判定に関する基準」の６(3)20
には，「量的形質とは，植物の茎の長さのように直線的に連続して変異するものを
いう。原則として量的形質が１階級値の幅以上異なる場合には，区別性があると判
定する。」とされている。
これらの一般基準からすると，栄養繁殖品種における均一性は，同一世代に属す
る齢が同じ植物体の中での異型個体数が，全体個体数の範囲ごとに定められる最大25
混入許容数を超える場合に否定され，異型個体であるか否かは，量的形質について
は，１階級幅以上の相違があるか否かによって判定すべきものと認められる。
(3)本件の場合，本件比較栽培試験には，鑑定フジタ１年生，鑑定フジタ２年
生いずれも２０株ずつを試験に供したことから，異型個体の最大許容混入数はいず
れも１株ということになる。5
そして，本件比較栽培試験の生データ（甲１１８）によれば，鑑定フジタ１年生，
鑑定フジタ２年生について，それぞれ冬期及び開花盛期に測定された量的形質に係
る測定値は別紙「冬期鑑定フジタ１年生の測定値等」，別紙「冬期鑑定フジタ２年
生の測定値等」，別紙「開花盛期鑑定フジタ１年生の測定値等」，別紙「開花盛期
鑑定フジタ２年生の測定値等」の各「測定値」欄記載のとおりであり，平均値と各10
株の測定値との差は「平均値との差」欄記載のとおりであり，「平均値との差」を
本件比較栽培試験鑑定で用いられた階級幅で除すことにより算出した各測定値と平
均値との階級差は「平均との階級差」欄記載のとおりであり，網がけしたものが１
階級幅以上の差がある株である。これによれば，本件比較栽培試験鑑定で用いられ
た階級幅の下では，鑑定フジタ１年生と鑑定フジタ２年生のいずれについても，複15
数の量的形質の項目で，１階級幅以上の差がある株数が前記の最大許容混入数を上
回っている。
もっとも，上記の検討は，本件比較栽培試験鑑定において設定された階級幅に基
づくものであり，前記２(3)イ(ｳ)ｂのとおり適正なものとはいえない。そこで，本
来より精度は劣るが，前記２(3)イ(ｴ)で算出した鑑定フジタ２年生と鑑定フジタ２20
号を用いた階級幅により，同様にして各株の平均値からの乖離度を算出すると，鑑
定フジタ２年生については別紙「鑑定フジタ２年生の均一性」，鑑定フジタ１年生
については別紙「鑑定フジタ１年生の均一性」のとおりであり，いずれも形質番号
５に限り，１階級幅以上の差がある株数が前記の最大許容混入数を上回っている。
このように，鑑定フジタ１年生についても鑑定フジタ２年生についても，均一性25
の基準を逸脱する結果となっているように見え（なお，上記の形質番号５の冬期の
草丈も，トットリフジタ１号の最も重要な特性である冬期の茎の伸張程度と密接に
関連する形質であるから，この形質が重要でないとはいえない。），このことから，
トットリフジタ１号が均一性を喪失するに至っている可能性は否定できない。しか
し，前記２(3)イ(ｳ)ｂのとおり，本件比較栽培試験は，そもそも量的形質について
適正な階級幅を設定することができないものであり，上記の検討も，適正とは認め5
られないか精度の劣る階級幅を用いたものであるにすぎない。そうすると，本件比
較栽培試験の結果に基づいて均一性の喪失の有無を最終的に判定することはできな
いというべきである。
そして，他にトットリフジタ１号が均一性を喪失したと認めるに足りる証拠はな
い。10
(4)以上によれば，後発的瑕疵２に係る原告の主張は理由がない。
６争点４（消尽の成否）について
種苗法２１条４項本文は，育成者権者が登録品種等の種苗，収穫物又は加工品を
譲渡した場合には，当該種苗，収穫物又は加工品自体の利用には育成者権の効力は
及ばないとし，譲渡された種苗に関する育成者権者の権利の消尽を規定している。15
しかし，これに続く但書きにおいては，「当該登録種苗等の種苗を生産する行為…
については，この限りでない」とされており，これらの規定を総合すれば，権利者
から譲渡を受けた登録品種の種苗等を再度譲渡した場合には，育成者権の権利は消
尽しており，当該種苗に対して育成権者の権利は及ばないものであるが，本件のよ
うに，権利者から譲渡された登録品種の種苗等を増殖した上で譲渡する場合，その20
増殖は登録種苗の「生産」に当たることから，同条但書きの適用を受けることとな
り，当該種苗に対して育成者権の効力はなお及ぶものと解するべきである。
本件において原告は，被告から正規に入手した登録種苗であるトットリフジタ１
号を無許諾で増殖し，それを使用して「みずいらず」という名称の製品として販売
したものであり，このように，登録種苗を「生産」した当該製品に対しては，当然25
に被告の育成者権は及ぶものというべきである。
７小括
以上のとおり，原告が本件被疑種苗を使用した原告製品３を販売した行為は，被
告の本件育成者権１を侵害する行為に当たるものであり，被告の本件育成者権１の
行使が権利濫用として許されないということはできず，また，被告の本件育成者権
１は原告製品３に対しても及ぶものである。5
したがって，被告は原告に対し，本件育成者権１侵害の不法行為に基づく損害賠
償請求権を有するものというべきであるから，原告の請求第３項の請求は理由がな
い（なお，原告は，同請求は，損害賠償請求権の不存在確認のみを求める趣旨であ
り，存在が認められる場合の損害額の確認までを求める趣旨ではない旨を明確にし
ている。）。10
８まとめ
以上の次第で，原告の請求のうち，請求第１項及び第２項については，確認の利
益が認められ，それらの請求には理由があるから認容することとし，その余の請求
は理由がないから棄却することとし，訴訟費用の負担について民事訴訟法６１条，
６４条本文を適用して，主文のとおり判決する。15
大阪地方裁判所第２６民事部
裁判長裁判官
髙松宏之
裁判官
野上誠一5
裁判官大川潤子は，転補のため署名押印することができない。
裁判長裁判官
髙松宏之

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